يوجد اسلوبان للتفسير الموضوعي :

الاسلوب الأول : الذي اختاره بعض المفسرين في عملهم، وهو أنّهم يتناولون المواضيع المختلفة كالموضوعات العقائدية (التوحيد والمعاد و ..) والموضوعات الأخلاقية (التقوى‏ حسن الخلق و ...)، وبعد ذكر بحوث فلسفية وكلامية أو أخلاقية يذكرون بعض الآيات القرآنية المرتبطة بالموضوع بعنوان الشاهد على ذلك.

الاسلوب الثاني : وهو الذي يتمّ فيه قبل كل شي‏ء جمع الآيات الواردة حول الموضوع من جميع أجزاء القرآن، وقبل أيّ حكم أو ابداء نظر يتمّ جمع الآيات وتفسيرها مجتمعة، وبجمعها وملاحظة العلاقة فيما بينها نحصل منها على الصورة الكاملة.

وهنا لا يملك المفسّر شيئاً من عنده مطلقاً، ويسير كالظل خلف آيات القرآن فيفهم كل شي‏ء من القرآن، ويكون كل همّه كشف محتوى‏ الآيات، وإذا أراد الاستعانة بآراء الآخرين‏ بل حتى‏ بالأحاديث، فذلك في المرحلة الثانية وبصورة مستقلة.

وقد إخترنا هذا الاسلوب في‏ (نفحات القرآن) حيث جمعنا كل الآيات الواردة في كل موضوع وجعلناها في مقدمة كل بحث، وجعلنا كل مسائل البحث تسير تحت ظل الآيات، ونعتقد أن هذا هو السبيل الأمثل لإيصالنا إلى‏ حقائق القرآن.

وهذان الاسلوبان متبعان في التفسير المعتاد (التفسير الترتيبي حسب السور والآيات) فجماعة يحملون آيات القرآن على‏ آرائهم وجماعة اخرى‏ يجعلون آراءهم تابعة لآيات القرآن، ومن الواضح أنّ الاسلوب التفسيري الصحيح هو الثاني.

القرآن‏ (نور وكتاب مبين) فهو يبين كل الحقائق المرتبطة بسيادة الإنسان : {قَدْ جَاءَكُمْ مِّنَ اللَّهِ نُورٌ وَكِتَابٌ مُّبِينٌ‏}. (المائدة/ 15)