يجب ان نعرف ان هنالك تنوع كبير حتى داخل النوع البكتيري الواحد، وهكذا فالمقارنة بين الانواع ممكن ان تكون حتى بين السلالات العديدة العائدة لكل النوع. وتستند المقارنة بشكل اولي على التحليل الكيميائي او الجزيئي.

التحليل الكيميائي

هنالك ادوات متطورة لدراسة المكونات التركيبية للبكتريا اكثرها شيوعا الاحماض الدهنية fatty acid والكاربوهيدرات carbohydrate او البروتينات. كذلك يعتبر تشخيص المنتجات الايضية المفرزة مثل الكحولات المتطايرة او الاحماض الدهنية ذات السلاسل القصير مفيد في تحديد الانواع البكتيرية.

التحليل الجزيئي

 قد تم بنجاح منذ سنوات قليلة ماضية دراسة التسلسلات للمجمع الجيني genome لبعض السلالات البكتريا، وقد شمل ذلك استغلال ازمان طويلة من العمل من قبل مجموعات بحثية كبيرة مخصصة لهذه المهمة، وانه سيكون مثليا في حالة التشخيص للنوع البكتيري لو قورن التسلسل الداخلي للدنا DNA المكون للكروموسوم البكتيري ولكن هذا غير متاح بشكل كامل في وقتنا الراهن، فعلينا ان نعرف تسلسلات ملايين النيوكليوتيدات لكل سلالة، بدلا من ذلك لقد تم الاعتماد في تحديد التشابه الجيني بين الافراد على محتوى مجمع الجينات genome من الكوانين (guanine (G والسايتوسين (cytosine (C والتي يعبر عنها في العادة بنسبة مئوية ( GC%) . وهذه تم الاستعاضة عنها ببديلين هما التهجين ودراسة التسلسلات (اكثرها شيوعا للجين المشفر للرنا الرايبوسومي 16S rRNA)).

وقد استخدم تناظر DNA-DNA (او كيف يمكن لشريطين من DNA من انواع بكتيرية مختلفة ان ترتبط "تهجن" معا) لمقارنة الصلة الوراثية بين السلالات او الانواع البكتيرية. فإذا ابدى الحامض النووي DNA . من سلالتين بكتيريتين درجات عالية من التناظر homology (اي ان ارتباطها وثيق) فعندها يمكن اعتبار السلالتين تنتميان لنفس النوع، وهنا يجب ان نعرف انه لا يوجد ارتباط وثيق بين الاحماض النووية DNA العائدة لأنواع مختلفة من البكتريا ولا يبدون اي تناظر بينهم.

في السنين الاخيرة الماضية اصبحت جزيئة 16S من الرنا الرايبوزي (16S rRNA) تعرف "بالشريط الذهبي gold standard" في علم تصنيف البكتريا، حيث تتكون هذه الجزيئة من 1600 نيوكليوتيدة طولا. ويوفر تسلسل جزيئة 16S rRNA مقياسا للتشابه الجيني فوق مستوى الانواع مما يتيح اجراء مقارنات لمعرفة الصلات بين افراد مملكة البكتريا كلها. فالأنواع البكتيرية ذات الصلات الوثيقة غالبا ما يكون لها تسلسل 16S rRNA متماثل. وبالتالي هذه التقنية وفرت المعلومات المتممة لتقنية تهجين DNA-DNA. وقد استخدمت تقنية تحديد جينات 16S rRNA ومناطق جينية اخرى في التشخيص المختبري للاصابات السريرية بالاحياء المجهرية وخصوصا البكتريا.