بقي سنقر البياني حاكمًا على البصرة بالنيابة عن الأمير آقسنقر البخاري إلى سنة 513ﻫ، فثار أحد أمراء الجيش اسمه غزغلي وهجم على الحجاج، وكان أمير الحج يومئذ علي بن سكبان، فقاتل الثائر حتى قتله فانهزم أصحابه إلى البصرة، فلحقهم ابن سكبان حتى دخل المدينة في أثرهم، فوجد فتنة جديدة قامت بين الحاكم وبين رؤساء الجيش، فاغتنم فرصة تلك الفتنة، فتغلب على الولاية في السنة نفسها — 513ﻫ.

ولما استتب أمر علي بن سكبان بالبصرة كتب إلى الأمير آقسنقر البخاري يعرض له الطاعة، ويطلب منه توجيه النيابة إليه، فلم يُجِبْهُ الأمير إلى ما طلب، فاستبد ابن سكبان بالأمر، ولكنه سار سيرة حسنة في البصريين وجاملهم ووالاهم، وبقي مستقلًّا فيها إلى سنة 514ﻫ.

دخلت سنة 514ﻫ، فسير السلطان محمود جيشًا كبيرًا بقيادة الأمير آقسنقر البخاري لطرد علي بن سكبان من البصرة، فالتقى الأميران، وتقاتل الجيشان، وبعد حروب استولى الأمير آقسنقر على البصرة عنوة في سنة 515ﻫ ودخلها ظافرًا، وانهزم ابن سكبان، فاستقام أمر الأمير في هذه المدينة مدة، حتى إذا ما كانت سنة 517ﻫ ثار صاحب الحلة دبيس بن سيف الدولة، وخرج على السلطان والخليفة معًا، فحاربته حكومة بغداد حتى تمزق جمعه، فالتجأ بقبائل المنتفك فأغراهم على غزو البصرة وأخذها فوافقوه، وساروا معه حتى هجموا عليها ودخلوها فنهبوا أسواقها، وقتلوا رئيس جيشها، فبلغ الخبر حكومة بغداد فسيرت لقتاله جيشًا بقيادة البرسقي، فانهزم دبيس ومن معه، ودخلوا البادية، فدخل البرسقي البصرة بدون قتال فتولى شئونها، فبقيت البصرة تحت حكم السلاطين السلاجقة يحكمها أمراؤهم إلى سنة 547ﻫ، ثم عادت إلى الخلفاء، وسيأتي ذكر ذلك.