من قراءة وتحليل المعرفة الإنسانيّة ، ونظم التفكير ، ومناهج البحث في مجال الطبيعة والفكر والمجتمع والعقيدة والشريعة التي أفرزها الفكر الإسلامي نستنتج أن منهج البحث والتفكير ومصدر المعرفة وأدوات الفهم والاستنباط هي المسئولة بشكل أساس مسئولية علميّة عن تعدد الآراء والأفكار والمفاهيم في إطار المعرفة الإسلامية بالإضافة الى قصور الباحث العلمي ، وهوى النفس ، وتدخل العامل الذاتي في البحث الموضوعي ، وتلك العوامل مجتمعة هي المسئولة عن مستوى نتائج البحث من حيث الصحة والأصالة والخصوبة والنضج ... الخ.

ونحن عند ما ندرس البنية المنهجية للفكر الإسلامي نجد أثر المنهج؛ واضحا في كل حقل من حقول المعرفة.

لذا نجد أثر هذا المنتظم المنهجي واضحا في بنية المعرفة وصياغة شخصيتها ، وتقرير نتائج العمل العقلي فيها. فما من مدرسة فكرية إلّا وانطلقت من تحديد مصادر المعرفة أولا ، ومن تثبيت أساس للتفكير ، ومنهج متميز في البحث وتقرير النتائج ثانيا؛ وبذلك يتحدد عمقها وتتشخص أصالتها وانتماؤها.

ومن الواضح تأريخيا أنّ الفكر الإسلامي قد تفاعل مع أفكار الشعوب والامم الاخرى من خلال الاختلاط والفتوحات والترجمة ، فتفاعل مع الفكر اليوناني والفارسي والهندي والصيني واليهودي والمسيحي المحرّفين ، فأفرز هذا التفاعل نتائج انحرافية بالإضافة الى محاولات التحريف الداخلية التي نشأت في داخل المجتمع الإسلامي وأثر ذلك كله في طريقة التفكير والمناهج المتعددة لدى كثير من أصحاب النظريات والفلسفات والاتجاهات الفكرية في المجتمع الإسلامي ، لا سيما أصحاب المناهج الفلسفية والكلامية والسلوكية.

وكما أثر الفكر الأجنبي الوافد أثره في الاتجاه المنهجي ، أثّر القصور العلمي وضيق الأفق الفكري في إفراز مناهج وطرق تفكير عقيمة ، وغير منتجة أحيانا. وقاصرة عن فهم الرسالة ، وتطوير الفكر والبحث العلمي ، وتنمية العلم والمعرفة في مجال الطبيعة ، والمجتمع ، والشريعة ، ونظم التفكير أحيانا اخرى.

وفي خضم هذا الصراع المنهجي ، ونظم التفكير ، كانت مدرسة أئمة أهل البيت عليهم السّلام تواصل جهادها الفكري والسياسي لتثبيت معالم منهج البحث والتفكير ، والفهم الإسلامي ، للنص والمحتوى ، وطريقة الحياة ، كما تلقاه أئمة أهل البيت عليهم السّلام من كتاب اللّه ، وسنّة نبيّه‏ الكريم صلّى اللّه عليه وآله وسلّم ، فاكتسب هذا المنهج تأصيلا قرآنيا ، وميزة علمية واقعية ، فكان منهجا يحترم العقل ، ويلتزم بقواعد الشرع ، ويسعى لتطوير الحياة العلمية بشقّيها المادي والإنساني.