المراتب التصنيفية الفايروسية الدنيا

هي المراتب التصنيفية التي دون مرتبة النوع Species وتشمل:

1. السلالة

تضم السلالة Strain أفرادا متماثلين شكليا مختلفين في التخصصية اتجاه العائل، وقد وضعت معايير للسلالات الفايروسية استنادا على الدراسات الموسعة التي أجريت على سلالات فايروس موزائيك التبغ (TMV) والتي على أساسها توصف مجموعة الأفراد المعينة على أنها سلالة وهذه المعايير هي (1) احتواء أفراد السلالة على كميات متساوية من الجينوم (2) تحتوي الأفراد على نسب متماثلة من القواعد البيورينية والبيرميدينية (3) تتشابه الأفراد في النمط الشكلي Phenotypes (4) تتشابه أفرادها في تعاقبات الأحماض الأمينية للكابسيد (5) تعطي تفاعلات مصلية مع المصل المضاد المتخصص على تلك السلالة (6) تشترك الأفراد في مدى عوائلي متماثل وتعطي أعراض متماثلة على عوائلها.

2. الطراز

الطراز Variant هو مصطلح يرادف السلالة الفايروسية ولكن غالبا ما يستعمل للدلالة على الطفرة الفايروسية Mutant أو على العزلة الفايروسية Isolate وهو يشير إلى سلالة مرتبطة بموقع جغرافي معين ويطلق عليه أيضا مصطلح النمط المصلي Serotype أو النمط المرضيPathotype .

3. شبه النوع

أستعمل مصطلح شبه النوع Quasi-species للدلالة على النوع الفايروسي غير المستقر والذي تكون فيه التغايرية عالية حيث يضم مجتمعا من الأفراد غير المتجانسة لذلك سمي شبه النوع ، وقد وضع هذا المصطلح التصنيفي للمساعدة في فهم التغايرية الفايروسية والذي يصف نوعا من التركيبة المجتمعية التي تخضع فيها مجاميع الجينومات المتماثلة (الأفراد المتماثلة) إلى تغاير وراثي وتنافس وانتخاب مستمر. يعتمد ثبات النوع الفايروسي على ثبات جينومات أفراده أي ثبات التعاقبات النيكليوتايدية للجينومات ولذلك يوجد دائما في كل جينوم قطعة معينة تسمى "منطقة التعاقبات النيكليوتايدية المسيطرة" Master sequences تكون أكثر ثباتا من بقية الجينوم وتحافظ على ثبات الصفات الوراثية للنوع المعين وبالتالي فان ظهور الطفرات وحصول التغاير في أفراد ذلك النوع إنما يعتمد على تغير يحصل في تلك التعاقبات النيكليوتايدية مما يسبب انهيار التوازن الانتخابي القائم Selection equilibrium وظهور توازن جديد وبالتالي فان عدم الاستقرار الوراثي المستمر هو الذي تطلب استعمال مصطلح شبه النوع ويلاحظ أن ثباتية شبه النوع تعتمد على تعقيد المعلومات الوراثية في "منطقة التعاقبات النيكليوتايدية المسيطرة" والتي يصعب تغييرها، يتبين مما ذكر أنه يمكن تعريف شبه النوع بأنه مجموعة أفراد فايروسية تمتلك جينومات وثيقة القرابة جدا ولكنها غير متطابقة وبالتالي فهو تعبير وراثي شكلي Phenotypic expression لمجتمع فايروسي تسيطر منطقة التعاقبات النيكليوتايدية المسيطرة في جينوماته.