أمر الرشيد بسجن الامام في سجن السندي بن شاهك و هو شرير لم تدخل الرحمة الى قلبه و قد تنكر لجميع القيم لا يؤمن بالآخرة و لا يرجو للّه وقارا فقابل الامام بكل قسوة و جفاء فضيق عليه في مأكله و مشربه و كبله بالقيود و يقول الرواة انه قيده بثلاثين رطلا من الحديد.

اقبل الامام على عادته على العبادة فكان في أغلب أوقاته يصلي لربه و يقرأ كتاب اللّه و يمجده و يحمده على أن فرغه لعبادته.

و ارسل الامام رسالة الى هارون أعرب فيها عن نقمته عليه و هذا نصها: انه لن ينقضي عني يوم من البلاء حتى ينقضي عنك يوم من الرخاء حتى نفنى جميعا الى يوم ليس فيه انقضاء و هناك يخسر المبطلون .

و حكت هذه الرسالة ما ألمّ بالأمام من الجزع و الأسى من السجن و انه سيحاكم الطاغية أمام اللّه تعالى في يوم يخسر فيه المبطلون.