طريقة العمل للمبخر متعدد التأثير مياه البحر يتم تسخينها بالتدريج بطريقة المعادلات الحرارية بواسطة تكثيف البخار من عدد مساو من غرف التبخر. مياه البحر التي تم تسخينها تدخل غرف التبخير الأكثر سخونة عند درجة حرارة ما بين 60-100 م عادة، تم تبخر جزئيا بواسطة بخار من مصدر خارجي (عادة بخار الماء من محطة توليد الطاقة الكهربية) . البخار الناتج يمر الى المؤثر الثاني، وتنخفض درجة حرارته تحت تأثير مكثف التبريد بمياه البحر بعد المؤثر الاخير يحدث تبخير آخر في المؤثر الثاني ما بين البخار الداخل والمياه المالحة المحررة من الضغط (Flashed Brine) ، ثم يكرر العمل في كل من المؤثرات التالية والتي يصل عددها إلى 20 أو أقل من 10 ، وذلك قبل تكثيف بخار اخر مؤثر وسحب المياه المالحة المركزة (Brine) .طاقة الضخ اللازمة للمبخر متعدد التأثير أصغر من تلك اللازمة للمبخر الوميض متعدد المراحل وهي عادة 22 كيلوات ساعة / المتر المكعب .