ذكر بعضهم ^[1]سلبيات للتفسير الموضوعي سوف نعرضها ونناقش معطياتها.

قال: يعتبر التقطيع وهو فصل الآيات عن القرائن الموجودة ضمن السياق وأغفالها من السلبيات لهذا  التفسير.

ولحل هذه المشكلة يرى الباحث مراجعة التفسير الترتيبي أولاً وملاحظة القرائن العقلية والنقلية والسياقية ثم نقوم بالتفسير الموضوعي في الخطوة الثانية.

ومن جهة أخرى فان إقتطاع الآية من سياقها الترتيبي لا يجعلها معلقة بل أنها ترتبط بسياقٍ أخر مشابه له من حيث الموضوع ليعطي دلالة أخرى إضافة إلى دلالة التفسير الترتيبي.

 اعتماد المفسر على ضم الآيات المتشابهة للخروج بنتيجة نهائية دون وجود أي سابقة تفسيرية.  ويرد: بأن هذا تصور ساذج، إذ لا ينبغي لكل من هب ودب تفسير القرآن بل لا بد من وجود علماء متخصصين عارفين بأدوات التفسير بالإضافة إلى قدرتهم على إرجاع المتشابهات إلى محكماتها.

أنتخاب المفسر نظره ورأيه من خارج القرآن ليكون تفسيراً بالرأي. ويرد: أن المنهجية التي رسمناها للتفسير الموضوعي تعتمد على مناهج شرعية كتفسير القرآن بالقرآن وغيرها مما يمنع التفسير بالرأي، بل أن القرآن ينطق إيحائياً بمعنى الآية إذا ما تمسك المفسر بالمنهج المقترح.

الأعتماد على الألفاظ الموجودة في المعجم المفهرس للقرآن والغفلة عن المفاهيم الأخرى. ويرد: إن منهج الاستقراء التام في القرآن يحتم علينا متابعة الموضوع مع مرادفاته و اضداده كما سيأتي في الفصل الثاني.

قالوا بعدم الدقة في جمع الآيات. ويرد ولكن المعاجم المفهرسة ضابطة لألفاظ القرآن، إضافة إلى تطور وسائل العلم كالكمبيوتر.

الإحتياج إلى الصبر لأتساع المعلومات وتحمل دراستها ومعالجتها.

 ويرد، وهذا هو شأن طلاب الحقيقية.

^[1] محمد علي رضائي الصفهاني، دروس في المناهج والأتجاهات التفسيرية للقرآن، تعريب قاسم البيضاني، ص316 ط1 منشورات المركز العالمي للدراسات الإسلامية،1426 هـ.