المصاعب التي تقلل من أهمية النقل بالأنابيب: بالرغم من المزايا السابقة فأن هناك بعض المصاعب التي تقلل من أهمية النقل بالأنابيب يمكن إدراجها بالنقاط الآتية:

1- يعد النقل بالأنابيب غير مرن جغرافيا وعلى ذلك فهو غير قادر للاستجابة لتغير الموقع في العرض أو الطلب للسلعة المنقولة، كما إنه غير مرن في مقدرته على نقل مختلف السلع.

2- إن مد الأنابيب عبر دول عديدة قد يشكل مصاعب سياسية لاسيما في الحالات التي تتعارض فيها المواقف السياسية بين الدول، مما يؤثر على استمرارية التدفق في الانبوب ومن أمثلة ذلك عن تدهور العلاقات السورية العراقية عام 1982 والعلاقات التركية العراقية. أذ تلعب العوامل الجغرافية السياسية دورا هاما جدا في توجيه خطوط الأنابيب التي تعبر الحدود الدولية. وقد تم توجيه خطوط الأنابيب من الشرق الأوسط إلى البحر المتوسط لتجنب إسرائيل، وخطوط الأنابيب الجديدة التي تربط آسيا الوسطى مع البحر المتوسط ويتم توجيهها ردا على الفسيفساء العرقية والدينية من الجمهوريات في القوقاز. ويبين الجدول (2) اطوال خطوط الانابيب للدول العشر الأولى عالمياً.