تصنف البروتينات بعدة طرق

في واقع الأمر، لا يوجد نظام شامل ومقبول لتصنيف البروتينات، إلا أنه يمكن تصنيفها حسب بعض خصائصها كذوبانها أوشكلها أووظيفتها الحيوية أوبنيتها ثلاثية الأبعاد. وهناك نظام ذو استعمال محدود في الكيمياء الحيوية السريرية يصنف البروتينات إلى «ألبومينات» (Albumins) و «جلوبولينات» (Globulins) و«هستونات» (Histones) إلخ، وذلك اعتماداً على ذوبانها في المحاليل الملحية المائية. أما حسب شكلها العام، فلدينا البروتينات الكروية (Globular proteins) (كالعديد من الإنزيمات) التي تتميز بالتفاف سلاسلها الببتيدية وتثنيها بشكل مكتنز (Compactly)، بنسبها المحورية (نسبة الطول إلى العرض) التي تكون أقل من 10 (عادة أقل من 43)؛ ولدينا أيضاً البروتينات الليفية (Fibrous) التي تتجاوز نسبها المحورية القيمة 10 .

وتصنف البروتينات أيضاً حسب وظائفها الحيوية إلى إنزيمات (نازعات الهيدروجين (Dehydrogenases)، كينازات (Kinases) وبروتينات التخزين (Storage proteins) (الفيريتين (Ferritin)، الميوجلوبين) والبروتينات المنظمة (البروتينات الرابطة للدنا (DNA-binding proteins) (DNA)، الهرمونات الببتيدية) وبروتينات بنيوية (الكولاجين، البروتيوجليكان) وبروتينات محصنة (عوامل تجلط الدم ( (Blood clotting factors)، الجلوبولينات المناعية) وبروتينات ناقلة ( الهيموجلوبين، البروتينات الشحمية البلازمية) والبروتينات القلوصة أو الحركية (الأكتين، التوبولين (Tubulin)).

وهناك أنظمة خاصة للتصنيف تميز بعض البروتينات المعقدة ذات الأهمية الطبية الكبيرة؛ فعلى سبيل المثال تسمى البروتينات الشحمية البلازمية Plasmalipoproteins حسب حركيتها الرحلانية في باهاء pH = 8.6 بالبروتينات الشحمية - المنشأ أو ألفا 1 أو ألفا2 أو بيتا، وتسمى أيضاً الدقائق الكيلوسية (Chylomicrons) أو البروتينات الشحمية وضيعة الكثافة (VLDL) أو البروتينات الشحمية خفيضة الكثافة ((LDL)) أو البروتينات الشحمية مرتفعة الكثافة (HDL) اعتماداً على تثفلها او  ترسبها (Sedimentation) بالتنبيذ الفائق (Ultracentrifogation) (الشكل 6-1). ويمكن أن تصنف البروتينات الشحمية مناعياً أيضاً حسب الصمائم البروتينية (Apoproteins)، الموجودة فيها. هذا وقد قدم لنا التشابه في البنية ثلاثية الأبعاد - والذي كشف بشكل رئيسي بتصوير البلورات بالأشعة السينية X-ray) (crystallography أساساً بالغ الأهمية لتصنيف البروتينات. وعلى سبيل المثال، تشترك البروتينات التي ترتبط يالنوكليوتيداًت في لاحتوائها على حقل الارتباط يالتوكليوتيد (Nucleotide-binding domain) في يناها الثالثية.

الشكل 6-1: كثافة البروتينات الشحمية وحجمها CHYLO الدقائق الكيلوسية: VLDL البروتينات الشحمية وضيحة الكثافة LDL البروتينات الشحصية خفيضة الكثافة HDL لبروتينات الشحمية رفيحة الكثافةLp(a)= البروتينات الشحمية