قال السيد الشبلنجي الشافعي في نور الابصار في احوال ابي عبد اللّه الصادق (عليه السلام) ما هذا لفظه : ومناقبه كثيرة تكاد تفوت عند الحاسب ويحار في انواعها فهم اليقظ الكاتب.

وروى عنه جماعة من اعيان الأئمة واعلامهم، كيحيى بن سعيد، وابن جريح، ومالك بن انس، والثوري، وابن عيينة، وابي أيوب السجستاني، وغيرهم ؛ قال ابو حاتم : جعفر الصادق (عليه السلام) ثقة لا يسأل عن مثله.

قال ابن قتيبة في كتاب ادب الكاتب وكتاب الجفر : كتبه الإِمام جعفر الصادق بن محمد الباقر فيه كل ما يحتاجون الى علمه الى يوم القيامة والى هذا الجفر اشار ابو العلاء المعري بقوله:

لقد عجبوا لآل البيت لمّا      ***   اتاهم علمهم في جلد جَفْرِ

ومرآةُ المنجمِ وهي صغرى   ***   تريهِ كل عامرة وقَفْرِ

والجفر من اولاد المعز، ما بلغ اربعة اشهر، وانفصل عن امه وفي الفصول المهمة، نقل بعض اهل العلم، ان كتاب الجفر الذي بالمغرب يتوارثه بنو عبد المؤمن بن عليّ من كلام جعفر الصادق (عليه السلام) وله فيه المنقبة السّنية والدرجة التي في مقام الفضل علية.

وقال شيخنا المفيد (رحمه اللّه) : وكان الصادق جعفر بن محمد بن عليّ بن الحسين (عليهم السلام) من بين اخوته خليفة ابيه محمد بن عليّ (عليه السلام) ووصيه والقائم بالامامة من بعده وبرز على جماعتهم بالفضل وكان أنْبههم  ذكراً واعظمهم قدراً واجلهم في العامة والخاصة، ونقل الناس عنه من العلوم ما سارت به الركبان وانتشر ذكره في البلاد ولم ينقل عن احد من اهل بيته العلماء ما نقل عنه ولا لقي احد منهم من اهل الآثار ونقلة الاخبار، ولا نقلوا عنهم كما نقلوا عن ابي عبد اللّه (عليه السلام)، فان اصحاب الحديث قد جمعوا اسماء الرواة عنه من الثقات، على اختلافهم في الآراء والمقالات فكانوا اربعة آلاف رجل وكان له (عليه السلام) من الدلائل الواضحة في امامته ما بهرت القلوب واخرست المخالف عن الطعن فيها بالشبهات.

 ورُوي انه (عليه السلام) كان يجلس للعامة والخاصة ويأتيه الناس من الاقطار يسألونه عن الحلال والحرام، وعن تأويل القرآن وفصل الخطاب فلا يخرج احد منهم الا راضياً بالجواب، وبالجملة نقل عنه (عليه السلام) من العلوم ما لم ينقل عن احد. وذكر عن بعض علماء المخالفين انهم كانوا من تلامذته ومن خدمه واتباعه والآخذين عنه كأبي حنيفة ومحمد بن الحسن وان ابا يزيد طيفور السقّاء خدمه وسقاه وابراهيم بن ادهم ومالك بن دينار، كانا من غلمانه.

وروي عنه (عليه السلام) قال : اني اتكلم على سبعين وجهاً لي من كلها المخرج.

ودخل اليه سفيان الثوري يوماً فسمع منه كلاماً اعجبه فقال : هذا واللّه يا ابن رسول اللّه الجوهر، فقال له : بل هذا خير من الجوهر، وهل الجوهر الا الحجر.

وروي عن سفيان ايضاً انه قال للصادق (عليه السلام) : يا ابن رسول اللّه لم جعل الموقف من وراء الحرم ولم يصر في المشعر فقال : الكعبة بيت اللّه والحرم حجابه والموقف بابه فلما قصدوه وقفهم بالباب يتضرّعون، فلما اذن لهم بالدخول ادناهم من الباب الثاني وهو المزدلفة فلما نظر الى كثرة تضرعهم وطول اجتهادهم رحمهم، فلما رحمهم امرهم بتقريب قربانهم، فلما قربوا قربانهم وقضوا تفثهم وتطهّروا من الذنوب، امرهم بالزيارة لبيته.

فقال له سفيان : فلم كره الصوم ايام التشريق، قال : لأنهم في ضيافة اللّه ولا يحب للضيف ان يصوم .

قال سفيان : جعلت فداك فما بال الناس يتعلقون بأستار الكعبة وهي خرق لا تنفع شيئاً فقال : ذلك مثل رجل بينه وبين آخر جرم، فهو يتعلق به ويطوف حوله رجاء ان يهب له جرمه.

وروى ابن شهر أشوب عن مسند ابي حنيفة قال الحسن بن زياد : سمعت ابا حنيفة وقد سئِل من افقه من رأيت، قال : جعفر بن محمد (عليه السلام)، لما اقدمه المنصور، بعث اليّ، فقال: يا ابا حنيفة ان الناس قد فتنوا بجعفر بن محمد فهيئ له من مسائلك الشداد، فهيأت له اربعين مسألة، ثم بعث اليّ ابو جعفر وهو بالحيرة فأتيته فدخلت عليه وجعفر (عليه السلام) جالس عن يمينه فلما بصرت به دخلني من الهيبة لجعفر ما لم يدخلني لابي جعفر، فسلمت عليه، فأومأ اليّ فجلست، ثم التفت اليه فقال : يا ابا عبد اللّه هذا أبو حنيفة، قال : نعم أعرفه، ثم التفت إليَّ فقال : يا ابا حنيفة الق على ابي عبد اللّه من مسائلك، فجعلت القي عليه فيجيبني فيقول انتم تقولون كذا واهل المدينة يقولون كذا فربما تابعنا وربما تابعهم وربما خالفنا جميعاً حتى اتيت على الأربعين مسألة فما اخلّ منها بشيء ثم قال ابو حنيفة : اليس ان اعلم الناس اعلمهم باختلاف الناس.