يعدّ قسم الشؤون الإدارية في العتبة العلوية المقدسة من المفاصل المهمة التي يقع على عاتقها تنظيم المخاطبات الرسمية الداخلية والخارجية وتنظيم معلومات المنتسبين. وبيّن رئيس قسم الشؤون الإدارية عبد الرسول جواد الموسوي للمركز الخبري " القسم الإداري في الدوائر المختلفة يعدّ جسراً مهماً للتواصل الإداري داخليا وخارجياً، وذلك يشمل العتبة العلوية المقدسة إذ يربط هذا القسم بشعبه المتنوعة أقسام العتبة بالأمين العام والمخاطبات الرسمية الداخلية والخارجية من خلال الوارد والصادر كتنظيم عقود المنتسبين وباقي الإجراءات الإدارية فأنها تمر عن طريق قسم الشؤون الإدارية بوارد إلكتروني.
وأشار الموسوي إلى أن قسم الشؤون الإدارية يحتوي على أربع شعب هي:
شعبة الذاتية: وهي الشعبة الرئيسة في القسم مهمتها استلام البريد من الأقسام أو من خارج العتبة المقدسة وترفق معه أولياته ويرفع إلى الأمين العام للاطلاع والتوجيه ثم يعاد إلى إدارة القسم ويرسل إلى الجهة المعنية بحسب هامش الأمين العام.
شعبة الأفراد: وتكون مسؤولية هذه الشعبة متابعة كل ما يتعلق بالمنتسبين من معلومات وكتب شكر وتنقلات وغيرها.
شعبة الأرشيف الالكتروني: يتم في هذه الشعبة حفظ جميع الكتب الرسمية والبريد إذ يتم أرشفتها بطريقتين الأولى ورقية في ملفات(ليفيكس) والأرشفة الثانية هي الإلكترونية إذ يتم تصوير كل الكتب عن طريق (سكنر) ويتم خزنها في الحاسبات.
شعبة المنافذ الحدودية: ويكون عمل هذه الشعبة هو تسهيل دخول المواد الخاصة بالعتبة والتواصل من المنافذ الحدودية ومتعلقات الإعفاء الكمركي وغيرها.
شعبة الوقوعات الالكترونية: وهي المسؤولة عمّا يطرأ على المنتسبين من وقوعات وإجازات تجمع وترفع إلى المالية من أجل تنظيم دوامهم وإجازاتهم ورواتبهم.