يعد قسم التشغيل من أحد الأقسام الجديدة التي تم تشكيلها في العتبة العلوية المقدسة وهو من الأقسام الحيوية التي يعمل فيها نخبة من الكوادر الهندسية والفنية والإدارية والتي تعمل على تقديم خدمات الصيانة الميدانية في المجالات الخاصة في العتبة المقدسة وخدمة الزائرين الكرام. وصرح رئيس قسم التشغيل المهندس فلاح الصراف للمركز الخبري " يشتمل القسم على ست شعب هي شعبة المحركات وهي مسؤولة عن صيانة المحركات الكهربائية ومضخات المياه والهواء والتبريد ومفرغات الهواء وتصليحها وإدامتها، أما شعبة مراوح الرذاذ والتعطير تكون مسؤولة عن مراوح الرذاذ المنتشرة في أرجاء الصحن الحيدري الشريف الداخلية  والخارجية وصيانتها وتشغيلها يومياَ، وايضاً فحص العطور التي يتبرع بها المؤمنون إلى العتبة العلوية المقدسة".
مضيفا" أما شعبة التأسيسات الصحية فتكون مسؤولة عن مشروع ماء العتبة والتأسيسات من حيث أعمال الصيانة في التأسيسات الصحية والمجاري للعتبة المقدسة والمشاريع الملحقة بها وتلبية طلبات الأقسام بهذا المشروع، والشعبة الرابعة هي شعبة تنقية المياه(Ro) المسؤولة عن تنقية ماء الشرب للزائرين في داخل وخارج العتبة المقدسة وتجهيز السيارات الحوضية التي تحتاجها أقسام العتبة في عملياته الخدمية".
وتابع " فيما يبرز عمل شعبة الصوتيات مسؤوليتها عن جميع أعمال تركيب المنظومات الصوتية التقنية المنتشرة في داخل وخارج الصحن الحيدري الشريف ومدّ الأسلاك  الخاصة بتلك المنظومات وصيانتها ".
وختم الصراف تصريحه بالقول "وأما الشعبة الأخيرة في القسم فهي شعبة الذاتية والمتابعة التي تهتم بالأمور الإدارية الخاصة بالمنتسبين ".