الحجم والوظيفة للمصفوفات المجهرية 

قبل الدخول في خضم التحديات الخاصة بمعترك تصنيع وتصميم وفبركة المصفوفات المجهرية لابد من الاخذ بالاعتبار ما هي وظيفة المصفوفة المجهرية ؟ وحالما يتم اعتماد الوظيفة المرجوة من المصفوفة فإن حجم وشكل المصفوفة يصبح قابلا او خاضعاً للمناقشة والاقرار وعموماً فإن ثمة منهجين او مقاربتين تتعلق بهذا المجال

1. تضمين اكبر عدد الجينات المعروفة قدر الامكان في النظام قيد الاختبار .

2. محاولة التحري والبحث في الادبيات والمنشورات العلمية او من خلال الخبرة والتجارب عن أي من الجينات هي ذات علاقة بالتطبيقات هذا ويمكن اعتبار المنهج الاخير على انه نظام شبه مفتوح semiopen system والذي يمكن ان يزيد من احتمالية التوصل والحصول على معلومات جديدة عن الجينات . وفي هذه التطبيقات فإن مصفوفات مجهرية كبيرة ستكون الاكثر ملائمة ولكن الدقة المطلقة سوف لن تكون ذات شأن كمثال على هذا النوع من المقاربة (المنهج البحثي) هو التحري عن تعبير جينات الخميرة والتغير في التعبير الجيني بتغير الحالة الايضية metabolic state في خميرة الخبز Saccharomyces cerevisae اما المقاربة (المنهج) الثاني فهو نظام مغلق تماما وهذا النوع من الانظمة لا يعطي نتائج الا مع الجينات تحت الظروف المشددة التي تم التعرف عليها مسبقاً والموصوفة جيدا . وهذه المصفوفات المجهرية سوف لن تكون ممثلة للموروث (الجينوم) الكلي ، اما المصفوفات المجهرية الاصغر حجما والاقل تعقيداً فتمتلك ميزة افضل اذ توفر خصوصية نوعية افضل والرقاقات المجهرية ذات المواصفات العالية high quality للاستخدام الكمي او الاستخدام واسع النطاق تشكل خياراً مفيدا للتركيز النوعي على آلية العمل للدراسات المقارنة comparative studies عندما تكون اعادة التجارب والحصول على نفس النتائج او ما يعرف بالـ reproducibility والدقة في غاية الاهمية . وفي عام 1997 تمكن الباحث Hrller وجماعته من الربط بين المقاربتين او المنهجين في دراسته لبعض الامراض مثل Rheumatoid arthritis ومرض inflammatory bowel disease ، حيث استخدم الباحث Heller مصفوفة مجهرية تحوي 1000 جين وتحتوي جينات اختيرت عشوائيا من مكتبة دنا مكملة c DNA للدم المحيطي بالإضافة الى المصفوفة المجهرية الكبيرة (1000 جين) استخدموا مصفوفة اصغر (96 جين) ، المصفوفة الكبيرة اتاحت لهم البحث والتحري عن التغيرات في التعبير الجيني لخلايا اللمفوسايت واستنتدت المعرفة الكمية واستخدمت لتثبيط التعبير في السيتوكاينز cytokines والكيموكاينز chemokines وعوامل الاستنساخ ذات العلاقة بمرض الروماتزم .