ألف الامام أبو جعفر (عليه السلام) كتابا في تفسير القرآن الكريم نص عليه محمد بن اسحاق النديم في الفهرست عند عرضه للكتب المؤلفة في تفسير القرآن الكريم قال : كتاب الباقر محمد بن علي بن الحسين رواه عنه أبو الجارود زياد بن المنذر رئيس الجارودية وقال السيد حسن الصدر : وقد رواه عنه أيام استقامته جماعة من ثقاة الشيعة منهم أبو بصير يحيى بن القاسم الأسدي وقد اخرجه علي بن ابراهيم بن هاشم القمي في تفسيره من طريق أبي بصير ويقول الرواة : أن جابر بن يزيد الجعفي ألف كتابا في تفسير القرآن أخذه من الامام .

روى عنه المفسرون الشيء الكثير من تفسير آيات القرآن الكريم وهذه بعضها :

1 ـ قوله تعالى : {أُولَئِكَ يُجْزَوْنَ الْغُرْفَةَ بِمَا صَبَرُوا } [الفرقان: 75]  قال (عليه السلام) : الغرفة : هي الجنة وهي جزاء لهم بما صبروا على الفقر في الدنيا ..

2 ـ قوله تعالى : {وَمَنْ يَحْلِلْ عَلَيْهِ غَضَبِي فَقَدْ هَوَى} [طه: 81] سئل أبو جعفر (عليه السلام) عن غضب الله؟ فقال (عليه السلام) : طرده وعقابه ..

3 ـ قوله تعالى : {وَإِنِّي لَغَفَّارٌ لِمَنْ تَابَ وَآمَنَ وَعَمِلَ صَالِحًا ثُمَّ اهْتَدَى} [طه: 82] فسر (عليه السلام) الهداية بالولاية لأئمة أهل البيت وقال : فو الله لو ان رجلا عبد الله عمره ما بين الركن والمقام ولم يجيء بولايتنا إلا اكبه الله في النار على وجهه .

4 ـ قوله تعالى : {يَا أَيُّهَا الرَّسُولُ بَلِّغْ مَا أُنْزِلَ إِلَيْكَ مِنْ رَبِّكَ} [المائدة: 67] قال (عليه السلام) : يعني بذلك تبليغ ما أنزل الى الرسول (صلى الله عليه واله) في فضل علي وقد روى (عليه السلام) أن الله اوحى الى نبيه أن يستخلف عليا فكان يخاف أن يشق ذلك على جماعة من اصحابه فأنزل الله تعالى هذه الآية تشجيعا له على القيام بما أمره الله بأدائه .

5 ـ قوله تعالى : {ذَرْنِي وَمَنْ خَلَقْتُ وَحِيدًا} [المدثر: 11] نزلت هذه الآية في الوليد بن المغيرة المخزومي الذي اتهم النبي (صلى الله عليه واله) بالسحر وكان الوليد يسمى في قومه الوحيد والآية سيقت على وجه التهديد له وقد روى محمد بن مسلم عن أبي جعفر انه قال : الوحيد ولد الزنا وقال زرارة ذكر لأبي جعفر ان أحد بني هشام قال في خطبته أنا ابن الوحيد فقال : ويله لو علم ما الوحيد ما فخر بها :! فقلنا له : وما هو؟ قال : من لا يعرف له أب .

6 ـ قوله تعالى : {تَنَزَّلُ الْمَلَائِكَةُ وَالرُّوحُ فِيهَا} [القدر: 4] , قال (عليه السلام) : تنزل الملائكة والكتبة الى سماء الدنيا فيكتبون ما يكون في السنة من أمور ما يصيب العباد والأمر عنده موقوف له فيه على المشيئة فيقدم ما يشاء ويؤخر ما يشاء ويثبت وعنده أم الكتاب .

7 ـ قوله تعالى : {فَكُبْكِبُوا فِيهَا هُمْ وَالْغَاوُونَ} [الشعراء: 94]المراد من الآية أن الغاوين والقوى الكافرة يجمعون ويطرح بعضهم على بعض في النار قال الامام أبو جعفر (عليه السلام) انها نزلت في قوم وصفوا عدلا بألسنتهم ثم خالفوه الى غيره .

8 ـ قوله تعالى : {وَمَا ظَلَمُونَا وَلَكِنْ كَانُوا أَنْفُسَهُمْ يَظْلِمُونَ} [البقرة: 57]قال (عليه السلام) : في تفسيره للآية انه تعالى اعظم واعز واجل وأمنع من أن يظلم ولكنه خلطنا بنفسه فجعل ظلمنا ظلمه وولايتنا ولايته حيث يقول : {إِنَّمَا وَلِيُّكُمُ اللَّهُ وَرَسُولُهُ وَالَّذِينَ آمَنُوا} [المائدة: 55] يعني الأئمة منا ثم قال : في موضع آخر {وَمَا ظَلَمُونَا وَلَكِنْ كَانُوا أَنْفُسَهُمْ يَظْلِمُونَ} [البقرة: 57].

9 ـ قوله تعالى : {فَاسْأَلُوا أَهْلَ الذِّكْرِ إِنْ كُنْتُمْ لَا تَعْلَمُونَ} [النحل: 43] .

روى محمد بن مسلم قال : قلت : للإمام أبي جعفر إن من عندنا يزعمون أن المعنيين بالآية هم اليهود والنصارى؟ قال : إذا يدعونكم إلى دينهم ، ثم اشار (عليه السلام) الى صدره فقال : نحن أهل الذكر ونحن المسئولون .

10 ـ قوله تعالى : {هَلْ يَسْتَوِي الَّذِينَ يَعْلَمُونَ وَالَّذِينَ لَا يَعْلَمُونَ إِنَّمَا يَتَذَكَّرُ أُولُو الْأَلْبَابِ} [الزمر: 9] قال (عليه السلام) : نحن الذين يعلمون وعدونا الذين لا يعلمون وشيعتنا أولو الالباب .

11 ـ قوله تعالى : {بَلْ هُوَ آيَاتٌ بَيِّنَاتٌ فِي صُدُورِ الَّذِينَ أُوتُوا الْعِلْمَ} [العنكبوت: 49] فسر الامام أبو جعفر {الذين اوتوا العلم} بأئمة أهل البيت (عليهم السلام) وروى أبو بصير أن الامام أبا جعفر قرأ هذه الآية وأومأ بيده الى صدره .

12 ـ قوله تعالى : {يَوْمَ نَدْعُو كُلَّ أُنَاسٍ بِإِمَامِهِمْ} [الإسراء: 71] روى جابر بن يزيد الجعفي عن أبي جعفر (عليه السلام) قال : لما نزلت هذه الآية قال المسلمون : يا رسول الله ألست امام الناس كلهم أجمعين؟ فقال (صلى الله عليه واله) : أنا رسول الله الى الناس أجمعين ولكن سيكون من بعدي أئمة على الناس من أهل بيتي يقومون في الناس فيكذبون ويظلهم أئمة الكفر والضلال واشياعهم فمن والاهم واتبعهم وصدقهم فهو مني ومعي وسيلقاني ألا ومن ظلمهم وكذبهم فليس مني ولا معي وانا منه بريء ..

13 ـ قوله تعالى : {ثُمَّ أَوْرَثْنَا الْكِتَابَ الَّذِينَ اصْطَفَيْنَا مِنْ عِبَادِنَا فَمِنْهُمْ ظَالِمٌ لِنَفْسِهِ وَمِنْهُمْ مُقْتَصِدٌ وَمِنْهُمْ سَابِقٌ بِالْخَيْرَاتِ بِإِذْنِ اللَّهِ} [فاطر: 32] وسأل سالم الامام أبا جعفر عن هذه الآية فقال (عليه السلام) : السابق بالخيرات الامام والمقتصد العارف للإمام والظالم لنفسه الذي لا يعرف الامام  وروى زياد بن المنذر عنه (عليه السلام) انه قال : اما الظالم لنفسه فمن عمل صالحا وآخر سيئا واما المقتصد فهو المتعبد المجتهد واما السابق بالخيرات فعلي والحسن والحسين ومن قتل من آل محمد (صلى الله عليه واله) شهيدا .

14 ـ قوله تعالى : {إِنَّ فِي ذَلِكَ لَآيَاتٍ لِلْمُتَوَسِّمِينَ} [الحجر: 75] قال (عليه السلام) : قال أمير المؤمنين (عليه السلام) : كان رسول الله (صلى الله عليه واله) المتوسم وأنا من بعده والأئمة من ذريتي المتوسمون .

15 ـ قوله تعالى : {وَأَلَّوِ اسْتَقَامُوا عَلَى الطَّرِيقَةِ لَأَسْقَيْنَاهُمْ مَاءً غَدَقًا} [الجن: 16] قال (عليه السلام) : يعني لو استقاموا على ولاية علي بن أبي طالب أمير المؤمنين (عليه السلام) والاوصياء من ولده وقبلوا طاعتهم في أمرهم ونهيهم لأسقيناهم ماء غدقا يعني اشربنا قلوبهم الايمان والطريقة : هي الايمان بولاية علي والاوصياء .

16 ـ قوله تعالى : {قُلْ كَفَى بِاللَّهِ شَهِيدًا بَيْنِي وَبَيْنَكُمْ وَمَنْ عِنْدَهُ عِلْمُ الْكِتَابِ} [الرعد: 43] سأل بريد بن معاوية الامام أبا جعفر (عليه السلام) عن المعنيين بقوله تعالى : { وَمَنْ عِنْدَهُ عِلْمُ الْكِتابِ }؟ فقال (عليه السلام) : ايانا عنى وعلي اولنا وافضلنا وخيرنا بعد النبي (صلى الله عليه واله) .

17 ـ قوله تعالى : {فَقَدْ آتَيْنَا آلَ إِبْرَاهِيمَ الْكِتَابَ وَالْحِكْمَةَ وَآتَيْنَاهُمْ مُلْكًا عَظِيمًا} [النساء: 54] سأل بريد العجلي الامام أبا جعفر (عليه السلام) عن هذه الآية؟ فقال (عليه السلام) : جعل في آل ابراهيم الرسل والأنبياء والأئمة فكيف يقرونه في آل ابراهيم وينكرونه في آل محمد (صلى الله عليه واله)؟ قال بريد : وما المراد {وَآتَيْنَاهُمْ مُلْكًا عَظِيمًا} [النساء: 54] قال : الملك العظيم ان جعل فيهم أئمة من اطاعهم اطاع الله ومن عصاهم عصى الله فهو الملك العظيم .

18 ـ قوله تعالى : {وَنَفَخْتُ فِيهِ مِنْ رُوحِي} [الحجر: 29] سئل (عليه السلام) عن الروح فقال : هي القدرة .

19 ـ قوله تعالى : {لَوْلَا أَنْ رَأَى بُرْهَانَ رَبِّهِ} [يوسف: 24] قال (عليه السلام) : لجابر الجعفي ما يقول فقهاء العراق في هذه الآية؟ قال جابر : رأى يعقوب عاضا على ابهامه فقال (عليه السلام) : حدثني أبي عن جدي علي ابن أبي طالب ان البرهان الذي رآه انها حين همت به وهمّ بها أي طمع فيها فقامت الى صنم مكلل بالدر والياقوت في ناحية البيت فسترته بثوب أبيض خشية أن يراها أو استحياء منه فقال لها يوسف : ما هذا؟ فقالت : الهي استحي منه أن يراني على هذه الصورة فقال يوسف : تستحي من صنم لا ينفع ولا يضر ولا يبصر أفلا استحي أنا من الهي الذي هو قائم على كل نفس بما كسبت ثم قال : والله لا تنالين مني أبدا فهو البرهان .

هذه بعض الآيات التي فسرها الامام ابو جعفر (عليه السلام) وبها ينتهي بنا الحديث عن تفسيره للقرآن الكريم.