تتكون الأواصر الهيدروجينية في داخل السلسلة الببتيدية والذي تربط الأحماض الأمينية الناتجة عن مشاركة ذرات النتروجين وذرات الأوكسجين الكربونيلي الموجودة في السلسلة الببتيدية الواحدة أو في السلاسل الببتيدية المتعددة في الإنزيمات وهي تلعب دوراً مهماً في المحافظة على التركيب البنائي لبروتينات الإنزيمات، هناك العديد من المواد الأساس للإنزيمات الذي تكون غير مشحونة مع ذلك فهي ترتبط إلى الإنزيمات مع ألفة عالية مع تخصص عالي أيضا حيث تحصل تداخلات بين المواد الأساس غير المشحونة وكذلك مع معظم المواد الأساس المشحونة عن طريق تكوين أواصر هيدروجينية حيث تساهم ذرة الهيدروجين مع ذرتين أخرى، فإن الذرة الذي تكون أكثر ارتباط مع الهيدروجين تسمى واهية الهيدروجين بينما الذرة الأخرى تسمى قابلة الهيدروجين.

الشكل (20) تسلسل الأحماض الأمينية في إنزيم ribonuclease البتري يوضح أواصر ثنائية الكبريتيد فالآصرة الهيدروجينية تعتبر وسط في نقل البروتون من الحامض إلى القاعدة، فالذرة القابلة ملك شحنه سالبة جزئيا الذي تجذب ذرة الهيدروجين، فالذرة الواهبة في الآصرة الهيدروجينية في الأنظمة البيولوجية هي ذرة أوكسجين أو نتروجين (الجدول-13). جدول (13) أنواع الأواصر الهيدروجينية وإبعادها

طاقة الآصرة الهيدروجينية تتراوح ما بين 3-7 كيلو سعره جول وتكون الأواصر الهيدروجينية أقوى من أواصر فان در فال وتلعب الآصرة الهيدروجينية دورا مهما في ارتباط المادة الأساس مع الإنزيم وعلى سبيل المثال يمكن ملاحظة ارتباط اليوريدين في المادة الأساس إلى إنزيم الرايبونيوكليز البنكرياسي الذي يشقق حامض الرايبونيوكليـك (الشكل - 20) حيث توجد هناك ثلاثة أواصر هيدروجينية هي: واحدة ناتجة عن مجاميع C=O في اليوردين مع النتروجين الببتيدي   N-H

ب. مجموعة N---H في حلقة اليوردين في المادة الأساس تكون آصرة مع مجموعة OH للحامض الأميني الثريونين.

ج. مجموعة C=O في الحلقة الأخرى تكون أصرة هيدروجينية مع مجموعة OH - في الحامض الأميني السيرين.

تستطيع السلاسل الجانبية للحامض الأميني والسلسلة الببتيدية أن تكون أنواع مختلفة من الأواصر الهيدروجينية وإحدى عشر حامض أميني من مجموع 20 حامض أميني ها القدرة أن تكون أواصر هيدروجينية من خلال سلسلتها الجانبية.