يحتوي تسلسل الـ mRNA على المعلومات الوراثية التي تترجم إلى تسلسلات الأحماض الأمينية في البروتين. تتملك الخلايا بدائية النواة جزيئات mRNA غير ثابتة والتي تنتهي بمتوسط عمري يبلغ 3- 1 دقيقة، بينما في الخلايا حقيقية النواة، يتميز الـ mRNA بثباتية أكبر حيث يصل عمر الـ mRNA النموذجي في الكائنات حقيقية النواة إلى ثلاث ساعات، لماذا ؟ يجب على جزيئة mRNA حقيقية النواة من أن تنتقل من النواة إلى الشبكة الاندوبلازمية الداخلية في السايتوبلازم حيث تخليق البروتين تستوجب هذه العملية استصحاب بروتينات أخرى مع جزيئة الـ mRNA لتعينها في عملية الانتقال هذه. تستغرق هذه العملية بعض الوقت مقارنة بـ mRNA بدائية النواة، والذي تبدأ ترجمته في الوقت الذي مازالت عملية الاستنساخ جارية عليه. يشكل الـ mRNA ما يقارب الـ %5 فقط من الـ RNA الإجمالي الموجود في الخلية.

على الرغم من التغاير في أطوال الـ mRNA ، ولكن يمكن القول بأن مقدار المعلومات الوراثية التي يحملها الـ mRNA في بدائية النواة يكون كافيا لأن يشفر لأكثر من جين واحد، بينما تكفي تلك المعلومات الوراثية التي يحملها mRNA حقيقية النواة لأن تشفر لجين واحد فقط (شكل1). وبالطبع إذا كانت جزيئة الـ mRNA لجين واحد (كما في حقيقية النواة)، فأن هذا يؤدي بالضرورة إلى إنتاج بروتين واحد، وتدعى هذه الحالة بالسسترون المفرد monocistronic. أما إذا كانت جزيئة الـ mRNA لجينات متعددة (كما في بدائية النواة)، فان هذه يؤدي إلى إنتاج عدة بروتينات، وتدعى هذه الحالة بالسسترون المتعدد polycistronic .

وفي الكائنات بدائية النواة، وكما أوضحنا ذلك سابقا، ينشغل الـ mRNA في عملية تخليق البروتين حتى قبل أن يتم الانتهاء من تخليق جزيئة الـ mRNA بالكامل. ان الاستفادة السريعة من مستنسخ الـ mRNA الناشيء يقلل من فرصة معالجته. وبالتناقض مع ذلك، ففي الكائنات حقيقية النواة ، حيث تنفصل عملية الاستنساخ عن عملية الترجمة بشكل حاد، يعاني مستنسخ الـ mRNA الناشيء نظام مسهب من المعالجة، قبل أن يتم نقله إلى السايتوبلازم لكي يستخدم كقالب لعملية الترجمة.

شكل (1) مقارنة بين تركيب جزيئة الـ mRNA في بدائية وحقيقية النواة. ولو أن كلا جزيئتي الـ mRNA قد تم تخليقهما بنهاية 5' ثلاثية الفوسفات، إلا أن جزيئة الـ mRNA حقيقية النواة تحتاج إلى قلنسوة من نوع 5' ، والتي هي جزأ من التركيب المميز من قبل وحدة الرايبوسوم الثانوية الصغير small ribosomal subunit .ولهذا يبدأ تخليق البروتين في كودون البدء start codon قرب النهاية 5' لجزيئة الـ mRNA .أما في بدائية النواة يحدث التناقض، بحيث لا تمتلك النهاية 5' فائدة محددة، ويمكن أن يوجد عدة مناطق للارتباط بالرايبوسوم ) تسلسلات (Shine-Dalgarno) في داخل سلسلة الـ mRNA ، ينتج كل منها في تخليق بروتين مختلف (تصميم المؤلف).