تتكون من أرخبيل يضم عدة آلاف من الجزر تمتد في قوس جزري يواجه سواحل آسيا الشرقية بين دائرتي عرض 46،24 شمال خط الاستواء فى مسافة تصل إلى نحو 2400 كيلومتر ما بين الشمال والجنوب فى حوالي 22 دائرة عرضية. وتغطي هذه الجزر مساحة 37248 كم. وتتمثل أهم هذه الجزر فيما يلى:

1- جزيرة هوكايدو : وهى أكثر جزر اليابان امتداداً صوب الشمال وثاني هذه الجزر من حيث المساحة في نحو 77,8 ألف كيلومتر مربع أي 20،09 ٪ من مساحة اليابان. وهى جزيرة جبلية بها العديد من المخاريط البركانية والقمم الجبلية ويجرى بها أطول أنهار اليابان وهو نهر اشيكاريجاورا Ishikari Awa بطول 250 كم . وهو يجرى فى غرب الجزيرة في اتجاه عام من الشمال إلى الجنوب. وكانت تسمى جزيرة يزو Yeap ، ولايزال يسكنها بقايا عناصر الأينو وهم السكان الأصليون لليابان وشرق آسيا. ويصلون حالياً نحو 15 ألف نسمة.

2- جزيرة هنشو : إلى الجنوب من الجزيرة السابقة إذ يفصل بينهما مضيق بحرى هو مضيق تسوجارو Tsugaru الذى لا يتجاوز اتساعه 25 كم وتعد جزيرة هنشو أكبر جزر اليابان مساحة وأكثرها أهمية . إذ يبلغ مساحتها نحو 230 زلف كيلومتر مربع أي 61,8٪ من جملة مساحة الدولة كما تضم أهم المدن الرئيسية وتنقسم إلى 24 مقاطعة إدارية.

3- جزيرة شكوكو : وتقع جنوب جزيرة هنشو وشرق جزيرة كيشو وهى أصغر الجزر الأربع الرئيسية في اليابان مساحة بمساحة تصل إلى 18,7 ألف كم وهو ما يعادل 5٪ من جملة مساحة اليابان. وهي جبلية في معظمها تغطيها الغابات الكثيفة في مساحة واسعة. وتنقسم إلى أربع مقاطعات إدارية.

4- جزيرة كيوشو: وهي أبعد الجزر الأربع جنوباً وأقربها إلى الساحل الآسيوى ويقع بالقرب منها نحو 370 جزيرة صغيرة. وتصل مساحة الجزر إلى نحو 2 4 ألف كم 2 أو 11٫2 من مساحة اليابان. وهي جزيرة جبلية وعرة في معظم جهاتها، وتضم الجزيرة الكثير من القمم البركانية وينابيع المياه الحارة وتكون هذه الجزر الأربع الرئيسية نحو 98,9٪ من مساحة اليابان والباقي يتمثل في جزر صغيرة مناثرة أهمها:

ـ جزر ريوكيو Ryu Kyu، وتمتد فى قوس جزرى ما بين جزيرة كيوشو شمالاً وجزيرة تايوان (الصين الوطنية) جنوباً محتضنة بحر الصين الشرقي وتتمثل فى شكل أرخبيل طوله حوالي 1130 كم في مساحة تصل إلى 2200 كم 2 وفى حين يبلغ عدد سكانها نحو مليون نسمة. وتعد أوكيناوا أهم هذه الجزر وأكبرها مساحة.