لما رفض الخلفاء الجمع الالهي للقرآن على يد علي(عليه السلام)، كما رفضوا خلافته اضطروا بعد ان عُرض القرآن عليهم ان يدونوا القرآن وان يجمعوه، وبدأ المشروع من زمن ابي بكر وانتهى في زمن عثمان يعني ما يقارب 25 سنة ،بينما جمعه الإمام علي في سبعة ايام والآلية التي استخدموها كما يقول الشيخ معرفة :
1 ـ جمع الصحف التي عند الصحابة بالترغيب والترهيب .
2 ـ الف لجنة من خمسة وعشرين عضوا كما جاء في رواية اليعقوبي وكان عمر المشرف عليها .
3 ـ كان اجتماعهم على باب المسجد يوميا والناس يأتون بآي القرآن وسوره.
4 ـ كانوا لا يقبلون شيئا من أحد حتى يأتي بشاهدين بصحة ما عنده من القرآن .
5 ـ انتدبوا لهذه المهمة الخطيرة زيد بن ثابت وكان يقرأ القرآن على عهد رسول الله، وزكاه ابوبكر بقوله ( انا لا نتهمك ).
6 ـ اتفقوا على ان يجردوا القرآن من أحاديث النبي (صل الله عليه واله وسلم) ، على قاعدة حسبنا كتاب الله .