لقد كان لعودة الحكم العثماني المباشر على البصرة بعد القضاء على اسرة افراسياب إثر في النفوذ العثماني في الخليج العربي، فقد بقيت الاحساء بمنأى عن اثاره والذي حدث ان اسند منصب الولاية في البصرة الى عمر باشا والي الاحساء، فاضطر خليفته عيسى باشا بعد أن عجز عن تثبيت حكمه الى ترك الحكم الى براك زعيم بني خالد، فانتقل بذلك الحكم الى امرائها المحليين. ويعد براك اول من اسس حكم بني خالد بعد طرد العثمانيين منها عام 1670، وبذلك وضع نهاية لاحتلال قام به العثمانيون لتلك البلاد. ويبدو ان الحكم المحلي لآل افراسياب في البصرة ساهم في مد فترة الحكم العثماني في الاحساء، مهما كانت سماته، مدة اطول في وقت لم يستطع فيه العثمانيون ان يحافظوا عليه بعد عودة حكمهم المباشر الى البصرة. وهذا يعود الى ان حكم ال افراسياب كان أكثر تفهما من العثمانيين لطبيعة الحياة في جهات الخليج العربي، اضافة الى امتلاك آل افراسياب قوة محلية لا بأس بها قريبة من تلك الممتلكات استطاعوا بوساطتها ان يهددوا الحركات المناوئة لهم. وقد امتد نفوذ بني خالد من الاحساء الى منطقة نفوذ العثمانيين في العراق، اذ وصلوا الى مشارف مدينة البصرة، وكانت الكويت مقر حكمهم الصيفي والملاحظ انهم استطاعوا المحافظة على علاقات طيبة رغم انفرادهم بحكم الاحساء - بولاة البصرة وعدوا أنفسهم حلفاء للعثمانيين. والحقيقة ان امراء الخليج العربي بشكل عام كانوا يرغبون ببقاء تحالفهم العثمانيين، فمن جهة كانت لهم مصالحهم الاقتصادية والسياسية مع البصرة ما جعلهم على صلة وثيقة بالعراق. ومن جهة اخرى حاولوا الاستفادة من قوة العثمانيين النامية في الخليج العربي، ومن هنا جاء اندفاع شيوخ الكويت لان يطلبوا الولاء عام 1718 من الوالي العثماني في البصرة، وبذلك تمكنت الدولة العثمانية من الحصول على سيادة اسمية على الكويت وان لم تكن لها اهمية تذكر. وفي الحقيقة ان الكويت ينظر لها في ذلك الوقت انها تابعة للبصرة. ولكن رخائها كان يسير في اتجاه معاكس مع البصرة، حيث انها افادت فائدة كبرى من احتلال الايرانيين للبصرة بعد ان تحولت تجارة الهند اليها في الفترة ما بين عام 1975-1779. كما ان الوكالة البريطانية في البصرة قد تحولت اليها مؤقتا للمرة الثانية في الفترة ما بين عام 1793-1795. تشير وثائق شركة الهند الشرقية البريطانية عن قيام اول ازمة سياسية بين البصرة والكويت حينما قرر متسلم البصرة مصطفى اغا ان يحكم البصرة حكما مستقلا عن بغداد، وقد ايده في فكرته الشيخ ثويني بن عبد الله امير المنتفك وأنظم اليه. الا ان قوات باشا بغداد اجبرت الانفصاليين للالتجاء الى الكويت، وعندئذ دارت مراسلات مطولة بين بغداد والكويت لتسليم اللاجئين، لعب فيها صموئيل مانيستي المقيم البريطاني في البصرة دورا كبيرا في تهدئة الأمور حيث كتب الى شيخ الكويت عبد الله الصباح (1776-1814) رسالة يشرح فيها الموقف إثر مقابلة اجراها مع سليمان باشا والي بغداد. وقد استطاع المقيم البريطاني من ان يقنع الباشا بالعدول عن ارسال الحملة التي كان يزمع القيام بها ولاسيما ان من كن يطلبهم قد تركوا الكويت الى نجد بنصيحة من شيخ الكويت. اما الاحساء فنلاحظ ان امرائها من بني خالد سارعوا الى تقديم معونتهم الى متسلم البصرة سليمان اغا عام 1773 للدفاع عن البصرة عندما تعرضت لحصارها الكبير على يد الايرانيين. كما ان احمد بن سعيد امام عمان (1774-1783) أرسل اسطوله للبصرة ليساهم في الدفاع عن ذلك الثغر. وقد تمكن من السيطرة على شط العرب طوال الصيف فأمن وصول ما تحتاجه المدينة. وقد كافأته السلطات العثمانية مكافأة سنوية رصدت له من خزينة البصرة لتعاونه الصادق العثمانيين. ومن الجدير بالذكر ان معظم تجارة عمان في ذلك الوقت كانت مع العراق، ويتضح ذلك بشكل خاص عن طريق اسطول البن الذي يرسله امام عمان كل عام، والذي يعد من الاحداث التجارية المهمة في البصرة. وبصورة عامة فقد حافظت منطقة الخليج العربي على ولائها للعثمانيين، الا ان العثمانيين لم يقدموا لها شيئا، ولم يحاولوا ان يملأوا الفراغ الذي تشكو منه، الامر الذي فسح المجال للدولة السعودية الناشئة في اواخر القرن الثامن عشر في ان يحلوا في تلك الربوع، فاجتاحت جيوشهم الاحساء واستولوا عليها واخرجوا بني خالد منها. وقد التجأ بنو خالد الى البصرة ليطالبوا المماليك بنجدتهم، فخرجت حملتان كبيرتان ضد ال سعود الاولى عام 1797 أبحر فيها ثويني شيخ المنتفك السابق الى الاحساء، وكان قد توقف في الجهرة. مستلزمات يجمع الحرب. وكان الاسطول يشمل سبعة الاف تركي وضعف هذا العدد من العرب. ولكن كل هذه الاستعدادات فشلت بسبب اغتيال قائد الحملة قبل الاشتباك في آية معركة، مما جعل الحملة تتقهقر للوراء وتعود الى البصرة امام ملاحقة القوات السعودية لها التي غنمت من الحملة الشيء الكثير. وقد ابحرت في اواخر السنة التالية حملة اخرى بقيادة متسلم البصرة الكتخدا علي باشا وكانت تشتمل خمسة الاف إنكشاري وعدد من الجنود الاجيرة غير النظامية ومدفعية وافرة، ولكن غير مؤثرة، وقطعات من قبائل عقيل والعبيد وشمر وغيرهم. ورافق الكتخدا محمد بك الشاوي مشاورا في شؤون البادية وصلت هذه الجيوش الى البصرة في 2 كانون الأول ،1798، وهناك اضيف الى الجيش قطعات من قبائل الضفير والمنتفك وبني خالد وبذا بلغ عدد القوات العشائرية ما يزيد على عشرة الاف مقاتل. وسارت الحملة نحو الجهرة وقد سلكت طريقين بريا وبحريا في تقدمها نحو الاحساء. وقدم لها شيخ الكويت عبد الله الصباح معونات بحرية ساعدتها كثيرا. ورغم ان الحملة حققت بعض النجاح الا انها فشلت في حصارها لحامية الاحساء، وقد كلفها الحصار ثمنا غاليا زهقت فيه ارواح كثيرة نتيجة الاوبئة وصعوبة المناخ وصمود المحاصرين الامر الذي دعا الكتخدا الى ان يتخذ قرارا بالعودة دون ان يحرز أي نصر. وفي هذه الاثناء وصلت قوات الامير سعود بن عبد العزيز، ولما كانت قوات الطرفين في وضع لا تحسد عليه، قبل الكتخدا المفاوضات مع القوات القادمة. وقد دارات المفاوضات حول تبعية الاحساء، ووجوب استرداد المدافع التي استولى عليها ال سعود في اعقاب حملة ثويني، والمطالبة ببعض التعويضات عما لحق الحملة من اضرار، وعدم التعرض للحجاج العراقيين في اثناء مرورهم بأراضي ال سعود. وقد رجع قائد الحملة و، ومعه مثل ابن سعود ليوقع وثيقة الصلح في بغداد، حيث تم عقد الهدنة امدها ست سنوات، وقد وجد الامير عبد العزيز ان من الحكمة ان يصالح حكومة بغداد لذا فأرسل هدايا ثمينة وعدد من الخيول الأصيلة لاسترضاء الوالي سليمان باشا. ولكن قوة ال سعود المتزايدة لم تقتصر تهديدها في الفترة اللاحقة على مناطق نفوذ العثمانيين في الخليج العربي فحسب، وانما تعدتها الى العراق نفسه، فأقضت مضاجع حكام بغداد الذي صاروا لا يعرفون سبيلا لدرء خطر ال سعود، اذ استطاع هؤلاء ان ينقلوا ساحات القتال الى الاراضي العراقية، فشنوا هجمات عنيفة على المدن العراقية، وكان ما اصاب البصرة منها هجمات ثلاث الأولى عام 1803 عندما حاصرت جيوش الامير سعود مدينة الزبير، ثم اتجهت بعدئذ الى مدينة البصرة فضربت عليها حصارا استمر اثنى عشر يوما. والثانية عام 1805، اما الثالثة فكانت عام 1808. وقد اشتدت في تلك الفترة مطالبة سلطان مسقط لولاة بغداد بأن يتدخلوا في مقاومة زحف ال سعود في منطقة الخليج العربي، ولكن لم يثمر طلبه عن شيء يذكر. وإذا ما تأملنا اسباب عدم تحمس المماليك في العراق في هذا الوقت للتحالف. مع عمان وجدناه يرجع الى عجزهم الظاهر عن الدفاع الخارجي، فضلا. عن ذلك، انهم لا يملكون من القوة البحرية ما يؤهلهم لمقاومة زحف آل سعود. هذا في وقت كانت سفن مسقط نفسها تساعد باشا بغداد على حفظ مصالحه في الخليج العربي، وقد كوفئ على ذلك بان فسح المجال له لإرسال ثلاث سفن الى البصرة سنويا تفرغ حمولتها من السلع معفاة من الرسوم. ومن هنا يتضح لنا ان النفوذ العثماني في الخليج العربي لم يستطع في هذه الفترة ان يحافظ على وجوده فقد انتابته هزات عنيفة متوالية كادت تطبق عليه. وكانت السيادة في الاقطار التي امتد اليها النفوذ العثماني اسمية. مع الملاحظ ان البصرة اصبحت عاجزة على ان تقوم بمهماتها الحقيقية، لهذا فقد تركت الامور بيد والي بغداد. وقد لعبت العصبيات القبلية دورا في حياتها. ولم تقتصر على القبائل التي تحيطها وانما تعدتها الى سلطنة عمان التي بدأت تتخذ مواقف مناوئة للعثمانيين، فلما تعرضت البصرة لحركات المنتفك عام 1826 بسبب عزل داوود باشا للشيخ حمود الثامر من زعامة المنتفك واسنادها إلى عجمي السعدون، كان سلطان عمان من المؤيدين لحمود الثامر شيخ المنتفك المعزول. وعندما طلبت المنتفك النجدة لبت عمان النداء، وكان باشا بغداد قد رفض طلب السلطان العماني المتأخر من الجزية السنوية التي تدفعها الحكومة العثمانية له ومقدارها 101 ألف روبية، فحاصرت قطعات الاسطول العماني البصرة ولم تتراجع الا بعد ان استطاع متسلم البصرة ان يقنع قائدها بالانسحاب من المعركة وقد استجاب لاهم مطالبه، وقد اصبحت عمان خطرا يهدد البصرة دائما وتعاونت مع البريطانيين ضد داوود باشا، الا ان هذه القوة اخذت تتلاشى في الفترة التالية فتفككت قوتها وضعف بالتالي امر تهديدها للبصرة. اما الكويت وهي أقرب الامارات الى ولاية البصرة فلم يستطع العثمانيون ان يثبتوا السيادة عليها، وظلت تتأرجح بين الولاء والانفصال لكنها في كل هذا كانت على صلات طيبة مع الولاة العثمانيين، فقدمت لهم المساعدات في مناسبات عديدة، وكان أبرز تلك المساعدات ما قدمه الشيخ جابر الاول الحاكم الثالث للكويت (1814-1859) لمتسلم البصرة عزيز اغا في حربه مع كعب عام 1827، حيث جعل اسطوله البحري في خدمة المتسلم مما غير مجرى الحرب وحقق نصرا حاسما.