مرض أبومحمد (عليه السلام) في أول شهر ربيع الأول سنة ستين ومائتين ومات في يوم الجمعة لثمان خلون من هذا الشهر في السنة المذكورة وله يوم وفاته ثمان وعشرون سنة ودفن في البيت الذي دفن فيه أبوه من دارهما بسر من رأى وخلف ابنه المنتظر لدولة الحق وكان قد أخفى مولده وستر أمره لصعوبة الوقت وشدة طلب سلطان الزمان له واجتهاده في البحث عن أمره ولما شاع من مذهب الشيعة الأمامية فيه وعرف انتظارهم له فلم يظهر ولده (عليه السلام) في حياته ولا عرفه الجمهور بعد وفاته .

وتولى جعفر بن علي أخو أبي محمد أخذ تركته وسعى في حبس جواري أبي محمد (عليه السلام) واعتقال حلائله وشنع على أصحابه بانتظارهم وولده وقطعهم بوجوده والقول بإمامته وأغرى بالقوم حتى أخافهم وشردهم وجرى على مخلفي أبي محمد (عليه السلام) بسبب ذلك كل عظيمة من اعتقال وحبس وتهديد وتصغير واستخفاف وذل ولم يظفر السلطان منهم بطائل وحاز جعفر ظاهر تركه أبي محمد (عليه السلام) واجتهد في القيام عند الشيعة مقامه ولم يقبل أحد منهم ذلك ولا اعتقده فيه فصار إلى سلطان الوقت يلتمس مرتبة أخيه وبذل مالا جليلا وتقرب بكل ما ظن أنه يتقرب به فلم ينتفع بشيء من ذلك .

ولجعفر أخبار كثيرة في هذا المعنى رأيت الإضراب عن ذكرها وهي مشهورة عند الإمامية ومن عرف أخبار الناس من العامة وبالله التوفيق .

قال ابن الخشاب ولد أبومحمد الحسن بن علي المتوكل بن محمد القانع بن علي الرضا بن موسى الأمين بن جعفر الصادق بن محمد الباقر بن علي سيد العابدين بن الحسين الشهيد بن علي بن أبي طالب (عليه السلام) في سنة إحدى وثلاثين ومائتين وتوفي في يوم الجمعة وقال بعض الرواة في يوم الأربعاء لثمان ليال خلون من شهر ربيع الأول سنة مائتين وستين فكان عمره تسعا وعشرين سنة منها بعد أبيه خمس سنين وثمانية أشهر وثلاثة عشر يوما قبره بسر من رأى.