غالبا ما تتوضع المقرات الفعالة في منطقة تدعى الجيب او الشق  (Cleft )

غالبا ما يستقر المقر الفعال، بالنسبة الإنزيمات التي تتألف من وحيدة مفردة، في جيب في الإنزيم. ومن الأمثلة على ذلك الليزوزيم (Lysozyme) الموجود في الدمع ومخاط الأنف ويقوم بحل الجدر الخلوية للكثير من الجراثيم إيجابية الجرام المحمولة بالهواء. ويضم الليزوزيم، وهو سلسلة ببتيدية مكونة من 129 ثمالة، جيبا مركزياً عميقا يؤوى مقراً تحفيزياً مؤلفاً من 6 مقرات فرعية (Subsites) (الشكل 6-9) تربط الركائز المختفقة. وتتوضع الثمالات المسؤولة عن شطر الروابط بين المقرين D وE قريبا من مجموعات الكربوكسيل للأسباراجين 52 والجلوتامين 53. يضيف هذا الأخير بروتوناً للرابط الأسيتالي (Acetal bond) للركيزة، في حين يقوم الأسباراجين 52 ذو الشحنة السلبية بالمحافظة على استقرار أيون الكربونيوم الناتج من الجهة الخلفية.

كما يتوضع المقر التحفيزي للريبونوكلياز ضمن جيب مماثل للجيب في الليزوزيم، وتتوضع بشكل مصالب له ثمالتا الهيستيدين 12 والهيستيدين 119 اللتان تقعان عند المقر التحفيزي كما تشير الدلالات الكيميائية.

الشكل 9-6 : تمثيل ثنائي البعد للمقر التحفيزي في منطقة الجيب عن الليزوزيم. مثل الحروف A حتى F جزيئات الجليكوزيل من سكريد سداسي، وتظهر بعض الثمالات في منطقة الجيب مع أرقامها في متوالية الليزوزيم.