تحدد قيم الباهاء (pH) والـ pk الشدة الإجمالية للببتيدات

كما هو الحال بالنسبة للحمض الأميني ، تعتمد الشحنة الصافية (الإجمالية) (Net charge) للببتيدات على قيم الباهاء (pH) وقيم pk العادة لمجموعات التفارق الموجودة في أحماضها الأمينية. هذه المجموعات هي الزمر الأمينية ألفا والكربوكسيلية ألفا في الحمضين الأمينيين الموجودين  في النهايتين الأمينية والكربوكسيلية للببتيد وكذلك الزمر الوظيفية القابلة للتأين الموجودة في السلاسل الجانبية للأحماض الأمينية الحمضية والقاعدية. ويبين (الجدول 5-(1 القيم التقريبية للثابتة pk الخاصة بزمر تفارق الببتيدات المتمسخة (Denatured) التي تعوزها البنية المنظمة.

يمكن لهذه القيم أن تختلف بشكل ملحوظ في الببتيدات الأصلية لأن البيئة المحيطة بزمر للتفارق تلعب دورا هاماً في تحديد هذه القيم؛ ولعل المثال الواضح جدا على هذا الدور هو انحراف قيمة الـ  pk الخاصة ببعض الثمالات الموجودة في المركز الفعال لبعض الإنزيمات لعدة وحدات باهاء (pH). لاحظ أيضاً الفروق في قيم الـ pk  بين الثمالات الببتيدية والأحماض الأمينية بشكلها الحر (الجدول 4-(1.