روى الصدوق عن مالك بن انس فقيه المدينة قال : كنت أدخل على الصادق جعفر بن محمد (عليه السلام) فيقدم لي مخدّة ويعرف لي قدراً، ويقول : يا مالك اني كنت احبك، فكنت أسرَّ بذلك واحمد اللّه عليه وكان (عليه السلام) رجلاً لا يخلو من احدى ثلاث خصال اما صائماً واما قائماً واما ذاكراً وكان من عظماء العباد واكابر الزهاد والذين يخشون اللّه عزَّ وجل وكان كثير الحديث طيِّب المجالسة كثير الفوائد فاذا قال : قال رسول اللّه (صلى الله عليه واله) : اخضر مرة واصفر اخرى حتى ينكره من كان يعرفه ولقد حججت معه سنة، فلما استوت به راحلته عند الاحرام كان لكما همَّ بالتلبية انقطع الصوت في حلقه وكاد ان يخرَّ من راحلته، فقلت : قل يا ابن رسول اللّه، ولا بدّ لك من ان تقول، فقال : يا ابن ابي عامر كيف اجسر ان اقول لبيك اللهم لبيك، واخشى ان يقول عز وجل لا لبيك ولا سعديك.

وفي توحيد المفضل انه لما سمع المفضل من ابن ابي العوجاء، بعض كفرياته، لم يملك غضبه فقال، يا عدو اللّه أَلَحدتَ في دين اللّه، وانكرت الباري جل قدسه، الى آخر ما قال له، فقال ابن ابي العوجاء : يا هذا ان كنت من اهل الكلام كلمناك، فان ثبتت لك الحجة تبعناك وان لم تكن منهم فلا كلام لك، وان كنت من اصحاب جعفر بن محمد الصادق فما هكذا يخاطبنا، ولا بمثل دليلك يجادلنا، ولقد سمع من كلامنا اكثر مما سمعت فما افحش في خطابنا ولا تعدى في جوابنا، وانه للحليم الرزين العاقل الرصين لا يعتريه خرق ولا طيش ولا نزق، يسمع كلامنا ويصغي الينا ويستغرق حجتنا حتى اذا استفرغنا ما عندنا وظننا انا قد قطعناه ادحض حجتنا بكلام يسير وخطاب قصير يلزمنا به الحجة ويقطع العذر ولا نستطيع لجوابه رداً، فان كنت من اصحابه فخاطبنا بمثل خطابه.

في تذكرة السبط قال : ومن مكارم اخلاقه (عليه السلام) ما ذكره الزمخشري في كتاب ربيع الأبرار عن الشّقراني مولى رسول اللّه (صلى الله عليه واله) قال : خرج العطاء ايام المنصور وما لي شفيع، فوقفت على الباب متحيراً، واذا بجعفر بن محمد (عليه السلام) قد أقبل، فذكرت له حاجتي فدخل وخرج واذا بعطائي في كمِّه، فناولني اياه وقال ان الحسن من كل احد حسن وانه منك احسن لمكانك منا، وان القبيح من كل احد قبيح وانه منك اقبح لمكانك منا، وانما قال له جعفر (عليه السلام) ذلك : لأن الشّقراني كان يشرب الشراب، فمن مكارم اخلاق جعفر (عليه السلام) انه رحب به وقضى حاجته مع علمه بحاله ووعظه على وجه التعريض، وهذا من اخلاق الانبياء عليهم السلام.

رُوي انه كان يأكل الخل والزيت، ويلبس قميصاً غليظاً خشناً تحت ثيابه، وفوقه جبة صوف وفوقها قميص غليظ، ودخل عليه بعض اصحابه فرأى عليه قميصاً فيه قب قد رقعه، فجعل ينظر اليه، فقال ابو عبد اللّه (عليه السلام) : ما لك تنظر، فقال قب يلقى في قميصك قال ، فقال : اضرب يدك الى هذا الكتاب فاقرأ ما فيه، وكان بين يديه كتاب او قريب منه، فنظر الرجل فيه فإذا فيه، لا إيمان لمن لا حياء له، ولا مال لمن لا تقدير له ولا جديد لمن لا خلق له ؛ قال في القاموس القبُّ ما يدخل في جيب القميص من الرقاع.

 وكان (عليه السلام) يختضب بالحناء خضاباً قانياً، وكان يحفي شاربه حتى يلصقه بالعسيب اي منبت الشعر ودخل الحمام يوماً، فقال لصاحب الحمام اخليه لك، فقال لا حاجة لي في ذلك، المؤمن اخف من ذلك.

وكان يتصدق بالسُّكر لأنه احب الاشياء عنده، وأُتي له بطعام حار فجعل يكرر : نستجير باللّه من النار نعوذ باللّه من النار نحن لا نقوى على هذا فكيف النار، حتى امكنت القصعة فوضع يده فيها ؛ ورُئي عليه قميص شبه الكرابيس كانه مخيط عليه من ضيقه وبيده مسحاة يفتح بها الماء، وقال احب ان يتأذّى الرجل بحر الشمس في طلب المعيشة ؛ وكان يأمر بإعطاء اجور العَمَلَةِ قبل ان يجف عرقهم.

وروي انه (عليه السلام) كان يتلو القرآن في صلاته فغشي عليه، فسئل عن ذلك فقال : ما زلت اكرر آيات القرآن حتى بلغت الى حال كأنني سمعتها مشافهة ممن أنزلها.

 وروي انه كان يتمثل  بأبيات  لأبي ذر الغفاري (رحمه اللّه).

انت في غفلةٍ وقلبك ساه *** نفد العمر والذنوب كما هي

جمة حصِّلت عليك جميعاً *** في كتاب وانت عن ذاك ساهي

لم تبادر بتوبةٍ منك حتى *** صرت شيخاً وعظمك اليوم واهي

عجباً منك كيف تضحك جهلاً *** وخطاياك قد بدت لإِلهي

فتفكر في نفسك اليوم جهداً *** وانفِ عن نفسك الكرى يا مناهي

وروي ان المنصور سهر ليلة، فدَعا الربيع وارسله الى الصادق (عليه السلام) ان يأتي به، قال الربيع فصرت الى بابه فوجدته في دار خلوته، فدخلت عليه من غير استئذان، فوجدته معفراً خديه، مبتهلاً بظهر يديه، قد اثر التراب في وجهه وخديه.

وروى الكليني عن المفضل بن عمر قال : وجه ابو جعفر المنصور الى الحسن بن زيد، وهو واليه على الحرمين، ان احرق على جعفر بن محمد داره فالقى النار في دار ابي عبد اللّه (عليه السلام) فأخذت النار في الباب والدهليز، فخرج ابو عبد اللّه (عليه السلام) يتخطى النار ويمشي فيها، ويقول : انا ابن اعراق الثرى انا ابن ابراهيم خليل اللّه.