كان له (عليه السلام) ثلاثة من الذكور و بنت واحدة و أسماء أولاده جعفر وهو الصادق وعبد الله وإبراهيم وأم سلمة وقيل كان أولاده أكثر من ذلك.

ونقل الثعلبي في تفسيره : أن الباقر (عليه السلام) كان قد نقش على خاتمه هذه ظني بالله حسن و بالنبي المؤتمن و بالوصي ذي المنن و بالحسين و الحسن رواها في تفسيره بسنده متصلا إلى ابنه الصادق (عليه السلام) .

وأما عمره فإنه مات في سنة سبع عشرة و مائة و قيل غير ذلك و قد نيف على الستين و قيل غير ذلك أقام مع أبيه زين العابدين (عليه السلام) بضعا و ثلاثين سنة من عمره و قبره بالمدينة بالبقيع بالقبر الذي فيه أبوه و عم أبيه الحسن بالقبة التي فيها العباس (رضي الله عنه) وهذا آخر كلام كمال الدين (رحمه الله) .

وقال الحافظ عبد العزيز الجنابذي : أبو جعفر محمد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب بن عبد المطلب بن هاشم الباقر و أمه أم عبد الله بنت حسن بن علي بن أبي طالب و أمها أم فروة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر الصديق و كان كثير العلم.

وعن جعفر بن محمد قال سمعت محمد بن علي يذاكر فاطمة بنت الحسين شيئا من صدقة النبي (صلى الله عليه واله) فقال هذه توفي لي ثمان و خمسين سنة و مات فيها .

وقال محمد بن عمرو أما في روايتنا فإنه مات سنة سبع عشرة و مائة و هو ابن ثمان و سبعين سنة و قال غيره توفي سنة ثمان عشرة و مائة.

وقال أبو نعيم الفضل بن دكين توفي بالمدينة سنة أربع عشرة و مائة.

وقال محمد بن سعيد عن ليث عن أبي جعفر قال لا تجالسوا أصحاب الخصومات فإنهم الذين يخوضون في آيات الله.

وعن أبي جعفر (عليه السلام) قال سمعت جابر بن عبد الله يقول أنت ابن خير البرية و جدك سيد شباب أهل الجنة و جدتك سيدة نساء العالمين .

وعن أبي جعفر محمد بن علي (عليه السلام) قال دخل على جابر وأنا في الكتاب فقال لي اكشف عن بطنك فكشفت له فألصق بطنه ببطني و قال أمرني رسول الله (صلى الله عليه واله) أن أقرأك السلام .

وعن سفيان بن عيينة عن جعفر بن محمد عن أبيه قال قتل علي (عليه السلام) و هو ابن ثمان و خمسين سنة و قتل الحسين و هو ابن ثمان و خمسين سنة و مات علي بن الحسين و هو ابن ثمان و خمسين سنة و أنا اليوم ابن ثمان و خمسين سنة.