ولد أبي جعفر (عليه السلام) سبعة نفر أبو عبد الله جعفر بن محمد (عليه السلام) و كان يكنى به و عبد الله بن محمد أمهما أم فروة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر ؛ و إبراهيم و عبيد الله درجا أمهما أم حكيم بنت أسد بن المغيرة الثقفية ؛ و علي و زينب لأم ولد ؛ و أم سلمة لأم ولد .

و لم يعتقد في أحد من ولد أبي جعفر الإمامة إلا في أبي عبد الله جعفر بن محمد (عليه السلام) خاصة و كان أخوه عبد الله (رضي الله عنه) يشار إليه بالفضل و الصلاح ؛ وروي أنه دخل على بعض بني أمية فأراد قتله فقال له عبد الله (رحمة الله عليه) لا تقتلني فأكون لله عليك عونا و لكن لك على الله عونا يريد بذلك أنه ممن يشفع إلى الله بذلك فيشفعه فلم يقبل ذلك منه و قال له الأموي لست هناك و سقاه السم فقتله (رضي الله عنه)

قال الحافظ أبو نعيم في كتاب حلية الأولياء و منهم الإمام الحاضر الذاكر الخاشع الصابر أبو جعفر محمد بن علي الباقر و كان من سلالة النبوة و جمع حسب الدين و الأبوة تكلم (عليه السلام) في العوارض و الخطرات و سفح الدموع و العبرات و نهى المراء و الخصومات و قيل إن التصوف التعزز بالحضرة و التميز للخطرة.

عن خلف بن حوشب عن أبي جعفر محمد بن علي (عليه السلام) قال الإيمان ثابت في القلب و ليقين خطرات فيمر اليقين بالقلب فيصير كأنه زبر الحديد و يخرج منه فيصير كأنه خرقة بالية.