انّه (عليه السلام) ولد يوم الاثنين في الثالث من صفر أو غرّة رجب سنة (57) هـ بالمدينة المنورة و كان (عليه السلام) حاضرا في وقعة الطف و عمره أربع سنين، امّه الماجدة فاطمة بنت الامام الحسن المجتبى (عليه السلام) و قيل لها أمّ عبد اللّه، فأصبح (عليه السلام) ابن الخيرتين و علويا بين العلويين.

روي في دعوات الراوندي عن الامام محمد الباقر (عليه السلام) انّه قال: كانت أمي قاعدة عند جدار فتصدع الجدار و سمعنا هدة شديدة فقالت بيدها: لا و حقّ المصطفى ما أذن اللّه لك في السقوط، فبقى معلقا حتى جازته، فتصدق عنها أبي (عليه السلام) بمائة دينار.

و ذكرها الصادق (عليه السلام) يوما فقال: كانت صدّيقة لم يدرك في آل الحسن (عليه السلام) امرأة مثلها .

و روى عن الامام الصادق (عليه السلام) باسانيد معتبرة انّه قال: الأوصياء إذا حملت بهم امهاتهم أصابها فترة شبه الغشية، فأقامت في ذلك يومها ذلك ثم ترى في منامها رجلا يبشرها بغلام، عليم، حليم، فتفرح لذلك، ثم تنتبه من نومها فتسمع من جانبها الايمن في جانب البيت صوتا يقول : حملت بخير و تصيرين الى خير و جئت بخير، أبشري بغلام حليم عليم و تجد خفّة في بدنها ثم لم تجد بعد ذلك امتناعا من جنبيها و بطنها فاذا كان لتسع من شهرها سمعت في البيت حسّا شديدا فاذا كانت الليلة التي تلد فيها ظهر لها في البيت نور تراه لا يراه غيرها الّا أبوه، فاذا ولدته قاعدا و تفتّحت له حتى يخرج متربّعا يستدير بعد وقوعه الى الأرض، فلا يخطئ القبلة حيث كانت بوجهه ثم يعطس ثلاثا يشير باصبعه بالتحميد و يقع‏ مسرورا  مختونا و رباعيتاه من فوق و أسفل و ناباه و ضاحكاه، و من بين يديه مثل سبيكة الذهب نور و يقيم يومه و ليلته تسيل يداه ذهبا .

 اسمه الشريف محمد، و كنيته أبو جعفر، و القابه الشريفة الباقر و الشاكر و الهادي، و أشهر القابه الباقر، و قد لقبه رسول اللّه (صلى الله عليه واله) به كما ورد في رواية سفينة عن جابر بن عبد اللّه انّه قال : قال رسول اللّه (صلّى اللّه عليه وآله) : يوشك أن تبقى حتى تلقى ولدا لي من الحسين (عليه السلام) يقال له : محمد، يبقر علم الدين بقرا فاذا لقيته فاقرأه منّي السلام‏ .

 و روى الشيخ الصدوق رحمه اللّه عن عمرو بن شمر قال: سألت جابر بن يزيد الجعفي فقلت له: و لم سمّي الباقر باقرا ؟ قال: لانّه بقر العلم بقرا أي شقّه شقّا و أظهره إظهارا.

و لقد حدّثني جابر بن عبد اللّه الانصاري انّه سمع رسول اللّه (صلى الله عليه واله) يقول : يا جابر انّك ستبقى حتى تلقى ولدي محمد بن عليّ بن الحسين بن عليّ بن أبي طالب المعروف في التوراة بباقر، فاذا لقيته فاقرأه منّي السلام، فلقيه جابر بن عبد اللّه الانصاري في بعض سكك المدينة، فقال له: يا غلام من أنت؟ قال : أنا محمد بن عليّ بن الحسين بن عليّ بن أبي طالب.

 قال له جابر: يا بني أقبل فأقبل، ثم قال : أدبر فأدبر، فقال : شمائل رسول اللّه (صلى الله عليه واله) و ربّ الكعبة، ثم قال : يا بنيّ رسول اللّه (صلى الله عليه واله) يقرئك السلام، فقال: على رسول اللّه السلام ما دامت السماوات و الأرض و عليك يا جابر بما بلّغت السلام، فقال له جابر : يا باقر، يا باقر، أنت الباقر حقا أنت الذي تبقر العلم بقرا.

ثم كان جابر يأتيه فيجلس بين يديه فيعلّمه، فربّما غلط جابر فيما يحدّث به عن رسول اللّه (صلى الله عليه واله) فيردّ عليه و يذكره، فيقبل ذلك منه و يرجع الى قوله، و كان يقول : يا باقر، يا باقر، يا باقر، اشهد باللّه انّك قد أوتيت الحكم صبيّا .

و في تذكرة سبط ابن الجوزي: إنمّا سمّي الباقر من كثرة سجوده، بقر السجود جبهته، أي فتحها و وسعها، و قيل لغزارة علمه‏.

و قال ابن حجر الهيثمي في الصواعق المحرقة مع كثرة عناده و نصبه : أبو جعفر محمد الباقر سمّى بذلك من بقر الأرض أي شقّها و أثار مخبأتها و مكامنها فلذلك هو أظهر من مخبئات كنوز المعارف و حقائق الاحكام و اللطائف ما لا يخفى الّا على منطمس البصيرة أو فاسد الطويّة و السريرة، و من ثمّ قيل هو باقر العلم و جامعه و شاهر علمه و رافعه الخ .

و كان نقش خاتمه العزة للّه أو العزّة للّه جميعا و على رواية انّه كان يلبس خاتم جدّه الحسين (عليه السلام) و كان نقشه انّ اللّه بالغ أمره ؛ و روي غير هذا أيضا و لا منافاة بينها لإمكان تعدّد خواتيمه و لكل نقش مستقل.