سماه جده رسول الله (صلى الله عليه واله) بمحمد وكناه بالباقر قبل أن يخلق بعشرات السنين وكان ذلك من أعلام نبوته كما يقول بعض المحققين وقد استشف (صلى الله عليه واله) من وراء الغيب ما يقوم به سبطه من نشر العلم واذاعته بين الناس فبشر به أمته كما حمل له تحياته على يد الصحابي الجليل جابر بن عبد الله الانصاري .

أما كنيته فهي : أبو جعفر ولا كنية له غيرها لقد كني بولده الامام جعفر الصادق (عليه السلام) الذي بعث الروح والحياة في هذه الامة وفجر ينابيع الحكمة في الارض.

أما القابه الشريفة فقد دلت على ملامح شخصيته العظيمة ونزعاته الرفيعة وهي :

1 ـ الأمين :

2 ـ الشبيه : لأنه كان يشبه جده رسول الله (صلى الله عليه واله).

3 ـ الشاكر :

4 ـ الهادي :

5 ـ الصابر :

6 ـ الشاهد :

7 ـ الباقر : وهذا من اكثر ألقابه ذيوعا وانتشارا وقد لقب هو وولده الامام الصادق بالباقرين كما لقبا بالصادقين من باب التغليب .

ويكاد مجمع المؤرخون والمترجمون للإمام على أنه انما لقب بالباقر لانه بقر العلم أي شقه وتوسع فيه فعرف أصله وعلم خفيه وفيه يقول الامام الرضى :

يا باقر العلم لاهل التقى           وخير من لبى على الاجبل

وكأنهم نظروا في ذلك الى ما أثر عنه من سعة العلوم والمعارف فجعلوا هذا اللقب مشعرا بها وقيل انما لقب به لكثرة سجوده فقد بقر جبهته أي فتحها ووسعها وقيل انما لقب بذلك لقوله : استصرخي الحق وقد حواه الباطل في جوفه فبقرت عن خاصرته واطلعت الحق من حجبه حتى ظهر وانتشر بعد ما خفى ولكن المشهور والذائع بين المؤرخين هو المعنى الاول دون غيره.