طاقة التنضيد Stacking Energy

الطاقة اللازمة لتنضيد والرص وترتيب الجزيئات الكيماوية وخاصة الحلقية نظرا" للتداخلات بين ذراتها كما في قواعد DNA وكذلك تحدث في البروتين عندما تتداخل الحلقات اللاقطبية . ويثبت رص القواعد ببعض القوى مثل London Dispersion Forces والتداخلات بين الشحنات للحلقات المتجاورة وكذلك التداخلات الكارهة للماء وان كانت هذه المؤشرات لا يمكن ان تستعمل للكشف عن رص القواعد وانما تكون هناك حاجة لتوجهات اومؤشرات أخرى مثل التوجهات الهندسية . وعملية رص القواعد تؤثر في الفعاليات الحيوية ، والرص العمودي لقواعد النتروجين تعد من مصادر تثبيت ترتيب DNA وكذلك التركيب الثلاثي لجزيئات RNA اذ تلعب دورا" مهما" في عمليات الطوي وتكوين المعقدات ، ويحدث الرص بين القواعد المتجاورة في مناطق أشرطة الحلزونات المزدوجة . وطاقة الرص تعد من المؤشرات المؤثرة في صلادة تركيب DNA وهي تمثل مقياس لطاقة التداخل بين أزواج من القواعد المتجاورة في مزدوجات أشرطة DNA وهي تقيس قابلية الانصهار ومدى سهولة انفصال .
أشرطة DNA في الحلزون أي انها تقيس القوة التي تتداخل بها مستويات القواعد الحلقية المتجاورة وتقاس بالكيلوسعرة مول . ويمكن تحديدها من مجموعة من قيم النيوكلوتيدات الثنائية بأجراء حسابات الميكانيك الكمي Quantum Mechanical Calculations على التراكيب البلورية للنيوكلوتيدات الثنائية التي تستعمل في رسم الأطالس .
وتكون القيم سالبة لان رص القواعد يمثل التداخلات المفضلة من ناحية الطاقة التي تفيد في تثبيت الحلزونات المزدوجة ، فالقيم السالبة العالية تشير الى درجات ثبوت عالية ولا تميل للانصهار او حصول حالة إزالة الرص مقارنة بالمناطق ذات القيم الواطئة . وتتراوح القيم من – 82.3 كيلوسعرة مول التي تمثل حالة الانصهار السهل الى حوالي – 14.59 كيلوسعرة مول اللازمة لفك تكدس او صهر الحلزون . والمؤشرات المؤثرة في عملية الرص تشمل الحرارة وتركيز الأملاح مثل وجود 15-100 ملي مول من أيون الصوديوم ، فضلا" عن وجود علاقة طردية بين هذه الطاقة ومحتوى DNA من GC ودرجة الانصهار . وتستعمل قيم الطاقة هذه في رسم اطالس الجينومات .