تعد شعبة مشفى المخطوطات التابعة إلى قسم الشؤون الفكرية والثقافية في العتبة العلوية المقدسة من أهم الدعائم العلمية التخصصية التي تعمل على الحفاظ على كنوز المخطوطات التاريخية والتراثية في مرقد أمير المؤمنين (عليه السلام).
وقال مسؤول المشفى صلاح الخاقاني في تصريح للمركز الإعلامي للعتبة المقدسة " تعد الكتب والمخطوطات التاريخية القديمة ثروة حقيقية لذا عمدت الأمانة العامة للعتبة العلوية المقدسة بإنشاء شعبة تعنى بذلك وقد سميت بمشفى الكتاب وضعت ضمن هيكلية  قسم الشؤون الفكرية والثقافية في العتبة  المقدسة".
وأضاف الخاقاني " تم تأسيس هذا المشفى من اجل الحفاظ على هذا الموروث العقائدي والفكري المنبثق عن أهل البيت وأبنائهم وذراريهم (صلوات الله وسلامه عليهم)".
وتابع " وقد تتراوح أعمار بعض المخطوطات من القرن الأول الهجري إلى القرن الخامس عشر الهجري ومن ضمن هذه المخطوطات هنالك مصحف منسوب للإمام أمير المؤمنين (عليه السلام) كتب في عام 40 للهجرة النبوية الشريفة، كما يوجد لدينا  مخطوطات  قيمة وثمينة، منها كتاب الشيرازيات من القرن الثالث عشر  الهجري ويعتبر من النفائس وكذلك كتاب بخط العلامة الطوسي (قدس سره)".
وحول الطرق المتبعة للحفاظ على تلك المخطوطات أوضح الخاقاني " نعمل وفق الأسس والطرق العلمية الحديثة المتبعة في ترميم المخطوطات، منها ما يسمى ب " الطريقة الجافة " ولا نستعمل المواد الصناعية لحفظ وترميم المخطوطات بل نستعمل مواد طبيعية للتنظيف والتخليف والإدامة مبتعدين عن المواد الصناعية الكيمياوية، إضافة إلى الأرشفة الالكترونية والتصوير لحفظ المخطوطات "