يعدّ قسم الشؤون المالية من الأقسام الحيوية والمهمة والعصب الذي تعتمد عليه إدارة العتبة العلوية المقدسة في مسؤوليته ومهام كوادره بإدارة الأموال ووضع انسيابية منظمه باستلام وصرف الأموال العامة (المطلقة) والشرعية (الموقوفات والنذور ) واستكمال معاملات الصرف بما يتلاءم مع الشرع الحنيف وضوابط الصرف المالية المستنفذة للتعليمات . وبيّن مسؤول القسم كرار الشماع لـ ( المركز الخبري ) : بدأ تطوّر هذا القسم في عام 2005، من خلال ادخال التقنيات الإلكترونية في أعماله، كذلك تطوير المهارات الفردية لمنتسبي القسم من خلال مشاركاتهم بدورات عدّة، ويحتوي القسم على مجموعة من الشُعب هي:
 شُعبة حسابات الشباك:
تعد شُعبة حسابات الشباك من الشُعب المهمة في قسم الشؤون المالية حيث تتولى عملية تسجيل المبالغ الواردة عن طريق فتحات الشباك المقدس و المبالغ الواردة عن طريق قسم الهدايا والنذور ( الأموال الشرعية الموقوفة ) وتبويبها حسب النظم والقوانين المحاسبية المعمول بها دولياً .إاضافة إلى صرف تلك الأموال وفق الاحتياجات المناسبة . وتحتوي الشُعبة على عدة وحدات منها وحدة القيود ووحدة السجلات ووحدة الحاسبة الإلكترونية ووحدة الصرف إضافة إلى وحدة سلف المنتسبين وأن هذه الوحدات تعمل بشكل مترابط  ومكملة بعضها البعض لخدمة هذا المكان المبارك .
شُعبة حسابات المنحة :
إن شُعبة حسابات المنحة إحدى الشُعب التابعة إلى قسم الشؤون المالية حيث تتولى هذه الشُعبة مهام إدارة الأموال التي ترد إلى العتبة العلوية المقدسة وتبويب الصرف والتي تخص منحة رواتب منتسبي العتبة العلوية المقدسة الشهرية وكذلك منحة المصاريف التشغيلية للعتبة وتكون مراقبة من دوائر الدولة المختصة كديوان الرقابة المالية وكذلك ديوان الوقف الشيعي .
شُعبة حسابات الموازنة التخطيطية والخطة الإستثمارية:
تتولى هذه الشُعبة مهام إعداد الموازنات التخطيطية ( التشغيلية الرأسمالية ) للعتبة العلوية المقدسة ومناقشتها مع الجهات المعنية المتمثلة بوزارة المالية ووزارة التخطيط والتنسيق بين الأقسام الفنية للعتبة العلوية المقدسة و ديوان الوقف الشيعي ووزارة التخطيط في إدراج المشاريع ضمن الخطة الاستثمارية ومتابعة استحصال المبالغ الممنوحة للعتبة من تخصيصات الخطة الإستثمارية من وزارة المالية وكذلك متابعة استلام وتصفية السلف المصروفة من ديوان الوقف الشيعي لمشاريع العتبة العلوية المقدسة بالإضافة إلى ذلك التنسيق مع قسم الشؤون القانونية ولجان الجرد السنوي في إدراج العقارات المستملكة ضمن ممتلكات العتبة العلوية المقدسة .
شُعبة الحسابات المخزنية:
يتمحور عمل شُعبة الحسابات المخزنية بمراقبة جميع المواد الواردة من قسم الهدايا والنذور ولجان المشتريات ومراقبة مستندات الإدخال والإخراج المخزني للمواد التي ترد للعتبة العلوية المقدسة وبالتنسيق مع قسم المخازن وترحيلها حسب الأبواب المحاسبية ضمن برنامج حاص بالموجودات الثابتة ، وايضاً مراقبة جميع المواد في مخازن العتبة العلوية المقدسة وحركتها داخل اقسام العتبة .
شُعبة الرواتب :
تقوم شُعبة الرواتب بإعداد الكشوفات الخاصة برواتب المنتسبين العاملين في العتبة العلوية المقدسة ويتضمن ذلك إعداد قوائم الوقوعات اليومية والشهرية التي تتضمن ( الإجازات والغيابات والعقوبات والتعيين والإستقالة وكذلك إنهاء الخدمات ) . كما تعمل هذه الشعبة على متابعة التعينات في أقسام العتبة كافة ومتابعة الإستمارات الخاصة التي تحتوي على جميع الإضافات والاستقطاعات الخاصة بكل منتسب .
كما تعمل على إعداد قوائم الرواتب التي تتضمن معلومات كاملة حول - الراتب الاسمي والدرجة الوظيفية والخطورة ونوع الخدمة والقدم والعلاوات والترفيعات والزوجية والأطفال والعقوبات والغيابات والإجازات وإجمالي الراتب - وبقية الملاحظات الأخرى ولكل واحد من هذه الحقول معادلة خاصة وذلك لإختلاف نوع الشهادة والخدمة والدرجة الوظيفية حيث تقوم الشُعبة ايضاً بمتابعة سلف المنتسبين واستقطاعاتها من الرواتب وإيداع مبالغها لدى المصرف شهرياً وبشكل دوري.
شُعبة أمانة الصندوق:
تقوم شُعبة أمانة الصندوق بصرف الهدايا الخاصة بالزواج والمواليد وكذلك صرف الإيفادات الخاصة بمنتسبي العتبة العلوية المقدسة والوصولات التابعة للإقسام لشراء بعض الاحتياجات بصورة سريعة وكذلك مصاريف الرسوم الكمركية لإدخال بعض المواد التابعة للعتبة عن طريق المنافذ الحدودية .
كما تقوم الشُعبة بصرف الإعانات الخاصة بمنتسبي العتبة العلوية المقدسة والمكافئات الشخصية والرواتب المعادة وجميع ذلك يتم وفق موافقات اُصولية ومذكرات رسمية . وكذلك يتم صرف المبالغ الخاصة من صندق الفقراء كأعانات شهرية أو سنوية كما تتولى الشُعبة إطفاء جميع السلف الخاصة بمنتسبي العتبة العلوية المقدسة وكذلك السلف الناشطة الممنوحة إلى اللجان والأقسام وقبض المبالغ المتبقية منها وايداعها في حساب العتبة لدى المصرف .
شُعبة صندوق التقاعد :
شُعبة صندوق التقاعد هي احدى شُعب قسم الشؤون المالية حيث تتولى هذه الشعبة مهام ترويج ومتابعة معاملات التقاعد الخاصة بمنتسبي العتبة العلوية المقدسة مع الدوائر ذات العلاقة ومتابعة الأمور الخاصة بمستحقات عوائل المتوفين من المنتسبين من مستحقات وغيرها   .
شُعبة الذاتية :
تتولى هذه الشُعبة إدارة البريد الخاص بالقسم ( الوارد والصادر ) من حيث استلام البريد وارشفته الكترونياً وتوزيعه على شُعبة القسم بعد عرضة على السيد رئيس القسم أو احد معاونيه ومن ثم متابعة البريد الصادر والوارد من الشُعبة والأقسام وتنظيم مذكرات بالمخاطبة بين الأقسام الأخرى .
بالإضافة إلى برنامج الوقوعات اليومية الخاص بمنتسبي القسم من خلال إدخال البيانات  كالإجازات  والزمنيات والحضور والإنصراف اليومي وإدخال جميع البيانات الخاصة بالقسم على نظام الأرشفة الإلكترونية ضمن نظام الحكومة الإلكترونية المعمول بها في العتبة العلوية المقدسة .
يضاف إلى أعمال قسم الشؤون المالية إجراءات فتح الضريح المقدس وعملية فرز الأموال برعاية الأمين العام ونائبه وأعضاء مجلس إدارة العتبة والأقسام المعنية ، فضلاً عن حضور قاضٍ من خارج العتبة ومدير مصرف الرافدين حيث تجمع الأموال وتذهب إلى الحصينة ثم إلى حساب العتبة العلوية في مصرف الرافدين.