من الأمور التي فيها فرق بين الشرع والطب الحديث هو إستعمال المعقمات والمطهرات الحديثة لبعض الأمراض والجراحات، الأمور التي لا تعتبر من المطهرات الشرعية من ناحية عدم رفعها للنجاسات.

فانّ إزالة الدم مثلاً عن البدن بواسطة الاسبيرتو لا يُعد رافعاً لنجاسته الشرعية ولا مجوزاً للصلاة فيه. نعم، هو رافع للميكروبات والأمور المضرة غالباً، بينما استعمال الماء للغرض نفسه رافع للنجاسة الشرعية لكنه أحياناً لا يرفع الميكروبات.

هذا في الحالات العادية، أما الحالات التي يضرها استعمال الماء فانه لا يجوز استعماله فيها كالحروق ومواضع الالتهابات الخارجية فلابد من الانتقال الى تعقيمها بالمعقمات المعروفة وترك تطهيرها بالماء.

فالشرع إذ يعتبر الماء المطهر الوحيد في مقابل السوائل الأخرى لا يمنع من استعمال المعقمات بل يوجبها عند الحاجة اليها. نعم، لا يعتبرها رافعة للنجاسة الشرعية وإن كانت رافعة للأوساخ والميكروبات.