روى الصدوق في عيون الاخبار عن الطالقاني عن محمد بن يحيى الصولي عن أبي العباس أحمد بن عبد الله عن علي بن محمد بن سليمان النوفلي عن صالح بن علي بن عطية قال : كان السبب في وقوع موسى بن جعفر (عليه السلام) إلى بغداد ان هارون الرشيد أراد ان يعقد الامر لابنه محمد بن زبيدة وكان له من البنين أربعة عشر ابنا فاختار منهم ثلاثة محمد بن زبيدة وجعله ولي عهده وعبد الله المأمون وجعل الامر له بعد ابن زبيدة والقاسم المؤتمن وجعل الامر له بعد المأمون ، فأراد ان يحكم الامر في ذلك ويشهره شهرة يقف عليها الخاص والعام فحج في سنة تسع وسبعين ومائة وكتب إلى جميع الآفاق يأمر الفقهاء والعلماء والقراء والامراء ان يحضروا مكة أيام الموسم فاخذ هو طريق المدينة ، قال علي بن محمد النوفلي : فحدثني أبي انه كان سبب سعاية يحيى بن خالد بموسى بن جعفر عليهما السلام وضع الرشيد ابنه محمد بن زبيدة في حجر جعفر بن محمد بن الأشعث فساء ذلك يحيى وقال إذا مات الرشيد وأفضى الامر إلى محمد انقضت دولتي ودولة ولدي وتحول الامر إلى جعفر بن محمد بن الأشعث وولده ، وكان قد عرف مذهب جعفر في التشيع ، فاظهر له انه على مذهبه فسر به جعفر وأفضى إليه بجميع أموره وذكر له ما هو عليه في موسى بن جعفر (عليه السلام) فلما وقف على مذهبه سعى به إلى الرشيد فكان الرشيد يرعى له موضعه وموضع أبيه من نصرة الخلافة فكان يقدم في امره ويؤخر ويحيى لا يألو ان يحطب عليه إلى أن دخل جعفر يوما إلى الرشيد فاظهر له إكراما وجرى بينهما كلام مت به جعفر بحرمته وحرمة أبيه فامر له الرشيد في ذلك اليوم بعشرين ألف دينار فامسك يحيى عن أن يقول فيه شيئا حتى أمسى ثم قال للرشيد يا أمير المؤمنين قد كنت أخبرك عن جعفر ومذهبه فتكذب عنه وهاهنا أمر فيه الفيصل ، قال : وما هو ؟ قال إنه لا يصل إليه مال من جهة من الجهات إلا أخرج خمسه فوجه به إلى موسى بن جعفر ولست أشك انه قد فعل ذلك في العشرين الألف الدينار التي امرت بها له ، فقال هارون : إن في هذا لفيصلا ، فأرسل إلى جعفر ليلا وقد كان عرق سعاية يحيى به فتباينا وأظهر كل واحد منهما لصاحبه العداوة ، فلما طرق جعفرا رسول الرشيد بالليل خشي أن يكون قد سمع فيه قول يحيى وانه انما دعاه ليقتله فأفاض عليه ماء ودعا بمسك وكافور فتحنط بهما ولبس بردة فوق ثيابه واقبل إلى الرشيد فلما وقعت عليه عينه واشتم رائحة الكافور ورأى البردة عليه قال يا جعفر ما هذا ؟ فقال يا أمير المؤمنين قد علمت أنه قد سعي بي عندك فلما جاءني رسولك في هذه الساعة لم آمن أن يكون قد قح في قلبك ما يقال علي فأرسلت إلي لتقتلني ، فقال كلا ولكن قد خبرت انك تبعث إلى موسى بن جعفر من كل ما يصير إليك بخمسه وانك قد فعلت ذلك في العشرين الألف الدينار فأحببت ان اعلم ذلك ، فقال جعفر : الله أكبر يا أمير المؤمنين تأمر بعض خدمك يذهب فيأتيك بها بخواتيمها ، فقال الرشيد لخادم له خذ خاتم جعفر وانطلق به حتى تأتيني بهذا المال وسمى له جعفر جاريته التي عندها المال فدفعت إليه البدر بخواتيمها فاتى بها الرشيد فقال له جعفر هذا أول ما تعرف به كذب من سعى بي إليك قال صدقت جعفر فقال ليحيى بن أبي مريم أ لا تدلني على رجل من آل أبي طالب له رغبة في الدنيا فأوسع له منها قال بلى أدلك على رجل بهذه الصفة وهو علي بن إسماعيل بن جعفر بن محمد فأرسل إليه يحيى فقال اخبرني عن عمك وعن شيعته والمال الذي يحمل إليه فقال له عندي الخبر وسعى بعمه . أقول أراد يحيى ببحثه عن طالبي له رغبة في الدنيا ان يتوصل بواسطته إلى معرفة شيعة موسى بن جعفر والمال الذي يحمل إليه ليعرف ان جعفر بن محمد بن الأشعث منهم وانه يحمل المال إلى الكاظم (عليه السلام) فيشي به إلى الرشيد فيقتله فتسبب من ذلك الوشاية بالكاظم وقتله ، وكان يحيى يخاف من انتقال الخلافة إلى الأمين وتقدم جعفر بن محمد بن الأشعث عنده لأنه كان في حجره يتولى تربيته وتثقيفه فتزول دولة البرامكة ولم يعلم يحيى ان الله بالمرصاد لكل باع وان من حفر لأخيه بئرا أوقعه الله فيها وان من سل سيف البغي قتل به فزالت دولته ودولة ولده في حياة الرشيد قبل انتقال الامر إلى الأمين وقتله الرشيد وولده شر قتلة واقتص للإمام الكاظم (عليه السلام) منهم في الدنيا ولعذاب الآخرة أشد وأخزى وفي رواية أن الذي وشى به هو ابن أخيه محمد بن إسماعيل بن جعفر ، قال ابن شهرآشوب في المناقب : كان محمد بن إسماعيل بن الصادق (عليه السلام) عند عمه موسى الكاظم (عليه السلام) يكتب له الكتب إلى شيعته في الآفاق فلما ورد الرشيد الحجاز سعى بعمه إلى الرشيد فقال : أ ما علمت أن في الأرض خليفتين يجبى إليهما الخراج ؟ فقال الرشيد ويلك انا ومن ؟ قال موسى بن جعفر وأظهر اسراره فقبض عليه وحظي محمد عند الرشيد ودعا عليه موسى الكاظم بدعاء استجابه الله فيه وفي أولاده . وروى الكشي بسنده عن علي بن جعفر بن محمد (عليه السلام) قال : جاءني محمد بن إسماعيل بن جعفر يسألني ان أسال أبا الحسن موسى (عليه السلام) ان يأذن له في الخروج إلى العراق وان يرضى عنه ويوصيه بوصيته قال فتنحيت حتى دخل المتوضأ وخرج وهو وقت كان يتهيأ لي ان اخلو به وأكلمه قال فلما خرج قلت له ان ابن أخيك محمد بن إسماعيل يسألك ان تأذن له في الخروج إلى العراق وان توصيه فاذن له (عليه السلام) فلما رجع إلى مجلسه قام محمد بن إسماعيل وقال يا عم أحب ان توصيني فقال أوصيك ان تتقي الله في دمي ، فقال لعن الله من يسعى في دمك ثم قال يا عم أوصني فقال أوصيك ان تتقي الله في دمي ، قال ثم ناوله أبو الحسن (عليه السلام) صرة فيها مائة وخمسون دينارا فقبضها محمد ثم ناوله أخرى فيها مائة وخمسون دينارا فقبضها ثم أعطاه صرة أخرى فيها مائة وخمسون دينارا فقبضها ثم أمر له بألف وخمسمائة درهم كانت عنده فقلت له في ذلك واستكثرته فقال هذا ليكون أوكد لحجتي إذا قطعني

ووصلته قال فخرج إلى العراق فلما ورد حضرة هارون أتى باب هارون بثياب طريقه قبل أن ينزل واستاذن على هارون وقال للحاجب قل لأمير المؤمنين إن محمد بن إسماعيل بن جعفر بن محمد بالباب فقال الحاجب انزل أولا وغير ثياب طريقك وعد لأدخلك إليه بغير إذن فقد نام أمير المؤمنين في هذا الوقت فقال أعلم أمير المؤمنين أني حضرت ولم تأذن لي فدخل الحاجب وأعلم هارون قول محمد بن إسماعيل فامر بدخوله فدخل قال يا أمير المؤمنين خليفتان في الأرض موسى بن جعفر بالمدينة يجبى له الخراج وأنت بالعراق يجبى لك الخراج فقال والله فقال والله قال فامر له بمائة ألف درهم فلما قبضها وحملت إلى منزله أخذته الذبحة في جوف ليلته فمات وحول من الغد المال الذي حمل إليه إلى الرشيد .

وفي بعض الروايات ان الذي وشى بالكاظم (عليه السلام) هو اخوه محمد بن جعفر ، روى الصدوق في العيون بسنده ان محمد بن جعفر دخل على هارون الرشيد فسلم عليه بالخلافة ثم قال له ما ظننت ان في الأرض خليفتين حتى رأيت أخي موسى بن جعفر يسلم عليه بالخلافة قال وكان ممن سعى بموسى بن جعفر (عليه السلام) يعقوب بن داود (اه) ويمكن أن يكون كل منهم قد سعى به (عليه السلام) .

وفي كشف الغمة : قيل سعى به جماعة من أهل بيته منهم : محمد بن جعفر بن محمد اخوه ومحمد بن إسماعيل بن جعفر ابن أخيه (اه) .

وروى المفيد في الارشاد والشيخ في كتاب الغيبة بعدة أسانيد بما لا يخرج عما ورد في رواية الصدوق إلا في بعض التفاصيل ثم قالوا : وخرج الرشيد في تلك السنة إلى الحج وبدأ بالمدينة فقبض فيها على أبي الحسن موسى (عليه السلام) ويقال إنه لما ورد المدينة استقبله موسى (عليه السلام) في جماعة من الاشراف وانصرفوا من استقباله فمضى أبو الحسن (عليه السلام) إلى المسجد على رسمه فأقام الرشيد إلى الليل فصار إلى قبر رسول الله  (صلى الله عليه وآله) فقال يا رسول الله اني اعتذر إليك من شئ أريد ان أفعله أريد ان احبس موسى بن جعفر فإنه يريد التشتيت بين أمتك وسفك دمائها ثم أمر به فاخذ من المسجد فادخل عليه فقيده واستدعى قبتين جعله في إحداهما على بغل وجعل القبة الأخرى على بغل آخر وأخرج البغلين من داره عليهما القبتان مستورتان ومع كل واحدة منهما خيل فافترقت الخيل فمضى بعضها مع إحدى القبتين على طريق البصرة والاخرى على طريق الكوفة وكان أبو الحسن (عليه السلام) في القبة التي مضي بها على طريق البصرة وانما فعل ذلك الرشيد ليعمي على الناس الامر في باب أبي الحسن (عليه السلام) وامر القوم الذين كانوا مع قبة أبي الحسن أن يسلموه إلى عيسى بن جعفر بن المنصور وكان على البصرة حينئذ فسلم إليه فحبسه عنده سنة وكتب إليه الرشيد في دمه فاستدعى عيسى بن جعفر بعض خاصته وثقاته فاستشارهم فيما كتب إليه الرشيد فأشار عليه خاصته بالتوقف عن ذلك والاستعفاء منه فكتب عيسى بن جعفر إلى الرشيد يقول له : لقد طال أمر موسى بن جعفر ومقامه في حبسي وقد اختبرت حاله ووضعت عليه العيون طول هذه المدة فما وجدته يفتر عن العبادة ووضعت من يسمع منه ما يقوله في دعائه فما دعى عليك ولا علي ولا ذكرنا بسوء وما يدعو لنفسه إلا بالمغفرة والرحمة فان أنت انفذت إلي من يتسلمه مني وإلا خليت سبيله فاني متحرج من حبسه ، وروي ان بعض عيون عيسى بن جعفر رفع إليه أن يسمعه كثيرا يقول في دعائه وهو محبوس عنده اللهم إنك تعلم أني كنت أسألك أن تفرغني لعبادتك اللهم وقد فعلت فلك الحمد ، قال فوجه الرشيد من تسلمه من عيسى بن جعفر المنصور وصير به إلى بغداد فسلم إلى الفضل بن الربيع فبقي عنده مدة طويلة .

قال المفيد : وأراد الرشيد الفضل بن الربيع على شئ من امره فابى فكتب إليه بتسليمه إلى الفضل بن يحيى فتسلمه منه وجعله في بعض حجر دوره ووضع عليه الرصد وكان (عليه السلام) مشغولا بالعبادة يحيي الليل كله صلاة وقراءة للقرآن ودعاء و اجتهادا ويصوم النهار في أكثر الأيام ولا يصرف وجهه عن المحراب فوسع عليه الفضل بن يحيى وأكرمه فاتصل ذلك بالرشيد وهو في الرقة فكتب إليه ينكر عليه توسعته على موسى (عليه السلام) ويأمره بقتله

فتوقف عن ذلك ولم يقدم عليه فاغتاظ الرشيد لذلك ودعا مسرور الخادم فقال له اخرج على البريد في هذا الوقت إلى بغداد وادخل من فورك على موسى بن جعفر فان وجدته في دعة ورفاهية فأوصل هذا الكتاب إلى العباس بن محمد وأمره بامتثال ما فيه وسلم إليه كتابا آخر إلى السندي بن شاهك يأمره فيه بطاعة العباس ، فقدم مسرور فنزل دار الفضل بن يحيى لا يدري أحد ما يريد ثم دخل على موسى (عليه السلام) فوجده على ما أبلغ الرشيد فمضى من فوره إلى العباس بن محمد والسندي بن شاهك فأوصل الكتابين إليهما فلم يلبث الناس أن خرج الرسول يركض ركضا إلى الفضل بن يحيى فركب معه وخرج مدهوشا دهشا حتى دخل على العباس بن محمد فدعى العباس بسياط وعقابين وامر بالفضل فجرد وضربه السندي بين يديه مائة سوط وخرج متغير اللون خلاف ما دخل وجعل يسلم على الناس يمينا وشمالا وكتب مسرور بالخبر إلى الرشيد فامر بتسليم موسى إلى السندي بن شاهك وجلس الرشيد مجلسا حافلا وقال أيها الناس ان الفضل بن يحيى قد عصاني وخالف طاعتي ورأيت أن ألعنه فالعنوه فلعنه الناس من كل ناحية حتى ارتج البيت والدار بلعنه وبلغ يحيى بن خالد الخبر فركب إلى الرشيد فدخل من غير الباب الذي يدخل الناس منه حتى جاء من خلفه وهو لا يشعر به ثم قال له التفت يا أمير المؤمنين إلي فأصغى إليه فزعا فقال إن الفضل حدث وانا أكفيك ما تريد فانطلق وجهه وسر واقبل على الناس فقال إن الفضل كان قد عصاني في شئ فلعنته وقد تاب وأناب إلى طاعتي فتولوه فقالوا نحن أولياء من واليت وأعداء من عاديت وقد توليناه ، ثم خرج يحيى بن خالد على البريد حتى وافى بغداد فماج الناس وارجفوا بكل شئ وأظهر انه ورد لتعديل السواد والنظر في أمر العمال وتشاغل ببعض ذلك أياما ثم دعا السندي بن شاهك فامره فيه بأمره فامتثله وكان الذي تولى به السندي قتله (عليه السلام) سما جعله في طعام قدمه إليه ويقال انه جعله في رطب فاكل منه فأحس بالسم ولبث ثلاثا بعده موعوكا منه ثم مات في اليوم الثالث .

ولما مات موسى (عليه السلام) ادخل السندي بن شاهك عليه الفقهاء ووجوه أهل بغداد وفيهم الهيثم بن عدي وغيره فنظروا إليه لا اثر به من جراح ولا خمش وأشهدهم على أنه مات حتف انفه فشهدوا على ذلك واخرج ووضع على الجسر ببغداد ونودي هذا موسى بن جعفر قد مات

فانظروا إليه فجعل الناس يتفرسون في وجهه وهو ميت وقد كان قوم زعموا في أيام موسى (عليه السلام) انه هو القائم المنتظر وجعلوا حبسه هو الغيبة المذكورة للقائم فامر يحيى بن خالد ان ينادى عليه عند موته هذا موسى بن جعفر الذي تزعم الرافضة انه لا يموت فانظروا إليه فنظر الناس إليه ميتا ثم حمله فدفن في مقابر قريش في باب التبن وكانت هذه المقبرة لبني هاشم والاشراف من الناس قديما .

وروي انه لما حضرته الوفاة سال السندي بن شاهك ان يحضره مولى له مدني ينزل عند دار العباس بن محمد في مشرعة القصب ليتولى غسله وتكفينه ففعل ذلك ، قال السندي فكنت سألته في الاذن لي ان أكفنه فابى وقال إنا أهل بيت مهور نسائنا وحج صرورتنا وأكفان موتانا من طاهر أموالنا وعندي كفن أريد ان يتولى غسلي وجهازي مولاي فلان فتولى ذلك منه .