روى الخطيب في تاريخ بغداد بسنده قال : حج هارون الرشيد فاتى قبر النبي  (صلى الله عليه وآله) زائرا له وحوله قريش وأفياء القبائل ومعه موسى بن جعفر فلما انتهى إلى القبر قال السلام عليك يا رسول الله يا ابن عمي افتخارا على من حوله فدنا موسى بن جعفر فقال السلام عليك يا أبة فتغير وجه الرشيد وقال هذا الفخر يا أبا الحسن حقا .

وفي إرشاد المفيد : ذكر ابن عمارة وغيره من الرواة انه لما خرج الرشيد إلى الحج وقرب من المدينة استقبلته الوجوه من أهلها يقدمهم موسى بن جعفر على بغلة فقال له الربيع ما هذه الدابة التي تلقيت عليها أمير المؤمنين وأنت ان طلبت عليها لم تدرك وان طلبت عليها لم تفت فقال إنها تطأطأت عن خيلاء الخيل وارتفعت عن ذلة العير وخير الأمور أوساطها .

وذكر الزمخشري في ربيع الأبرار ان هارون كان يقول لموسى خذ فدكا وهو يمتنع فلما ألح عليه قال ما آخذها إلا بحدودها قال وما حدودها قال الحد الأول عدن فتغير وجه الرشيد قال والحد الثاني قال سمرقند فأربد وجهه قال والحد الثالث قال إفريقية فاسود وجهه قال والحد الرابع قال سيف البحر مما يلي الخزر وأرمينية فقال هارون فلم يبق لنا شئ فتحول في مجلسي فقال موسى قد أعلمتك اني ان حددتها لم تردها فعند ذلك عزم على قتله واستكفى امره .

وروى الخطيب في تاريخ بغداد بسنده عن محمد بن إسماعيل قال بعث موسى بن جعفر إلى الرشيد من الحبس رسالة كانت : إنه لن ينقضي عني يوم من البلاء إلا انقضى عنك معه يوم من الرخاء حتى نفضي جميعا إلى يوم ليس له انقضاء يخسر فيه المبطلون .

وروى الصدوق في العيون عن الإمام موسى بن جعفر قال لما أدخلت على الرشيد ، وذكر خبرا طويلا ، إلى أن قال : لم جوزتم للعامة والخاصة ان ينسبوكم إلى رسول الله  (صلى الله عليه وآله) ويقولوا لكم يا بني رسول الله وأنتم بنو علي وإنما ينسب المرء إلى أبيه وفاطمة انما هي وعاء والنبي (عليه السلام) جدكم من قبل أمكم فقلت يا أمير المؤمنين لو أن النبي  (صلى الله عليه وآله) نشر فخطب إليك كريمتك هل  كنت تجيبه فقال سبحان الله ولِم لا أجيبه فقلت لكنه (عليه السلام) لا يخطب إلي ولا أزوجه فقال ولِم فقلت لأنه ولدني ولم يلدك فقال أحسنت يا موسى ، ثم قال كيف قلتم انا ذرية النبي والنبي  (صلى الله عليه وآله) لم يعقب وانما العقب للذكر لا للأنثى وأنتم ولد الابنة ولا يكون لها عقب فقمت أسأله بحق القرابة والقبر ومن فيه إلا ما أعفاني عن هذه المسألة فقال لا أو تخبرني بحجتكم فيه يا ولد علي وأنت يا موسى يعسوبهم وامام زمانهم كذا انهي إلي ولست أعفيك في كل ما أسألك عنه حتى تأتيني فيه حجة من كتاب الله فقلت تأذن لي في الجواب قال هات فقلت أعوذ بالله من الشيطان الرجيم بسم الله الرحمن

الرحيم ومن ذريته داود وسليمان وأيوب ويوسف وموسى وهارون وكذلك نجزي المحسنين وزكريا ويحيى وعيسى . من أبو عيسى يا أمير المؤمنين فقال ليس لعيسى أب فقلت انما ألحقناه بذراري الأنبياء (عليه السلام) من طريق مريم (عليه السلام) وكذلك ألحقنا بذراري النبي  (صلى الله عليه وآله) من قبل أمنا  فاطمة (عليه السلام) أزيدك يا أمير المؤمنين قال هات قلت قول الله عز وجل : {فَمَنْ حَاجَّكَ فِيهِ مِنْ بَعْدِ مَا جَاءَكَ مِنَ الْعِلْمِ فَقُلْ تَعَالَوْا نَدْعُ أَبْنَاءَنَا وَأَبْنَاءَكُمْ وَنِسَاءَنَا وَنِسَاءَكُمْ وَأَنْفُسَنَا وَأَنْفُسَكُمْ ثُمَّ نَبْتَهِلْ فَنَجْعَلْ لَعْنَتَ اللَّهِ عَلَى الْكَاذِبِينَ } [آل عمران: 61]  لم يدع أحد انه ادخل النبي  (صلى الله عليه وآله) تحت الكساء عند مباهلة النصارى إلا علي بن أبي طالب وفاطمة والحسن والحسين (عليه السلام) فكان تأويل قوله عز وجل { أَبْنَاءَنَا } الحسن والحسين و{َنِسَاءَنَا} فاطمة و{أَنْفُسَنَا} علي بن أبي طالب .

وروى الصدوق في العيون عن الوراق والمكتب والهمداني وابن ناتانة وأحمد بن علي بن إبراهيم وماجيلويه وابن المتوكل رضي الله عنهم جميعا عن علي عن أبيه عن عثمان بن عيسى عن سفيان بن نزار قال : كنت يوما على رأس المأمون فقال أ تدرون من علمني التشيع ؟ فقال القوم جميعا لا والله ما نعلم ، قال علمنيه الرشيد .

قيل له وكيف ذلك والرشيد كان يقتل أهل هذا البيت ؟ قال كان يقتلهم على الملك لان الملك عقيم ، ولقد حججت معه سنة فلما صار إلى المدينة تقدم إلى حجابه وقال لا يدخلن علي رجل من أهل المدينة ومكة من أبناء المهاجرين والأنصار وبني هاشم وسائر بطون قريش إلا نسب نفسه فكان الرجل إذا دخل عليه قال انا فلان ابن فلان حتى ينتهي إلى جده من الهاشمي أو قرشي أو مهاجري أو أنصاري فيصله من المال بخمسة آلاف درهم وما دونها إلى مائتي دينار على قدر شرفه وهجرة آبائه فانا ذات يوم واقف إذ دخل الفضل بن الربيع فقال يا أمير المؤمنين على الباب رجل زعم أنه موسى بن جعفر بن محمد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب (عليه السلام) فاقبل علينا ونحن قيام على رأسه والأمين والمؤتمن وسائر القواد فقال احفظوا على أنفسكم ثم قال : لآذنه ائذن له ولا ينزل إلا على بساطي فانا كذلك إذ دخل شيخ مشحذ قد أنهكته العبادة كأنه شن بال قد كلم السجود وجهه وانفه فلما رأى الرشيد رمى بنفسه عن حمار كان راكبه فصاح الرشيد لا والله إلا على بساطي فمنعه الحجاب من الترجل ونظرنا إليه بأجمعنا بالإجلال والاعظام فما زال يسير على حماره حتى سار إلى البساط والحجاب والقواد محدقون به فنزل فقام إليه الرشيد واستقبله إلى آخر البساط وقبل وجهه وعينيه واخذ بيده حتى صيره في صدر المجلس واجلسه معه إليه وجعل يحدثه ويقبل بوجهه عليه ويسأله عن أحواله إلى أن قال ثم قام فقام الرشيد لقيامه وقبل عينيه ووجهه ثم اقبل علي وعلى الأمين والمؤتمن فقال يا عبد الله ويا محمد ويا إبراهيم سيروا بين يدي عمكم وسيدكم خذوا بركابه وسووا عليه ثيابه وشيعوه إلى منزله إلى آخر الحديث .