انصب اهتمام يوسيفوس بطبيعة الحال في الأساس على منطقة يهودا وخاصةً علاقة كليوباترا بهيرودس الأول، الذي كان يستأجر دولته من الملكة، عقب حصولها عليها كهدية من مارك أنطونيو. في كتابه «الحرب اليهودية» المجلد الأول 12. 243.5 في سياق حاجة هيرودس الأول إلى دعم عسكري من مصر، وعلى الرغم من استقبال كليوباترا «الرائع» لهذا الحاكم، يقول يوسيفوس إن هيرودس الأول قرر المخاطرة بالإبحار إلى روما من أجل الحصول على الدعم بدلا من مساعدة الملكة نظير الحصول على دعمها («الحرب اليهودية» المجلد الأول، 2014. 2. 279). وفي المجلد الأول من كتاب «الحرب اليهودية»8. 4. 359-363 ذكر أن «كليوباترا، عقب قتلها لعائلتها الواحد تلو الآخر، حتى لم يبق أي من أقاربها، أصبحت الآن متعطشة لدماء الأجانب؛ إذ عرضت على أنطونيو اتهامات افترائية ضد مسئولين كبار في سوريا، ثم حثّته على إعدامهم؛ اعتقادا منها أنها لن تجد صعوبة في الاستيلاء على ممتلكاتهم، وامتد طموحها إلى الحصول على منطقة يهودا وشبه الجزيرة العربية، وكانت تخطط سرًا لتدمير ملكيهما هيرودس ومالخوس على التوالي» (ترجمة ثاكري، طبعة لوب). في كتب يوسيفوس يقع على عاتق كليوباترا جزء كبير من حملة اللوم التي يشنها، لا لتأثيرها فقط على أنطونيو وإنما بسبب فسقها. يبدو أن يوسيفوس اهتم بسياسات كليوباترا السياسية أكثر من علاقتها بمارك أنطونيو، فيصف احتجاز الملك النبطي مالخوس بقدر من التفصيل في 14. 2 (375-376). وفي المجلد 15 (2.5. 24 ) يذكر يوسيفوس مكاتبة بين كليوباترا وألكسندرا، زوجة الإسكندر بن أرسطوبولس. كتبت ألكسندرا إلى كليوباترا تسألها أن تطلب من أنطونيو إعطاء وظيفة الكاهن الأعلى لابنها. وكانت مريم ابنة ألكسندرا متزوجة من هيرودس. اتهم هيرودس ألكسندرا بالتآمر ضده (2. 7 . 32) من خلال العمل مع كليوباترا على حرمانه من سلطته. يتحدث المؤلف بتفصيل أكبر عن العلاقة بين هاتين السيدتين في 15. 3 .2 .45 . 46. فيقول إن هيرودس أجبر زوجته على البقاء في القصر: ومن ثم كتبت إلى كليوباترا تخبرها في رثاء مطول عن الوضع الذي وجدت نفسها فيه وتحثها على مساعدتها قدر استطاعتها. وعليه أخبرتها كليوباترا بأن تهرب سرًّا مع ابنها وتأتي إلى مصر. بدت هذه فكرة جيدة لألكسندرا، ووضعت الخطة التالية: صنعت نعشين كما لو كانت ستنقل جثث موتى ودخلت فيهما هي وابنها بعد إعطاء الأوامر للذين يعلمون بالخطة من خدمها بنقل النعشين بعيدًا عن القصر في أثناء الليل ذهبوا بعد الخروج من القصر إلى البحر وكانت توجد سفينة في انتظارهما من أجل الإبحار بهما إلى مصر. إلا أن خادمها إيسوب ذكر الخطة بتهور لسابيون أحد أصدقائها، ظنا منه بأنه على علم بها، وقبض على ألكسندرا وهي تهرب (3. 2. 48). ربما يظهر التشابه بين هذا الموقف ولقاء كليوباترا المبكر بالقيصر، عندما اختبأت حتى تستطيع دخول القصور الملكية. هيرودس تغاضى عن جُرم ألكسندرا لأنه لم يجرؤ على اتخاذ أي إجراءات قاسية تجاهها حتى وإن كان يرغب في هذا؛ لأن كليوباترا بدافع كرهها له لم تكن لتسمح باتهامها. والغرض من هذه القصة أن يتمكن يوسيفوس أن يُظهر أن هيرودس «تصرف بنبل» عند التعامل مع الموقف. في المجلد 15 ( 3. 5. 62 ــ 65) يُذكر المزيد من تدخل كليوباترا، فيقول يوسيفوس، على عكس المصادر التاريخية الأخرى، أن: ألكسندرا كتبت إلى كليوباترا عن خطة هيرودس وقتل ابنها. ونظرًا لأن كليوباترا كانت ترغب منذ وقت طويل أن تأتي من أجل مساعدة ألكسندرا استجابةً لتوسلاتها، وأشفقت على حظها السيئ؛ فقد جعلت الأمر كله شغلها الشاغل، ولم تتوقف عن حث أنطونيو على الانتقام لمقتل ابن ألكسندرا؛ إذ قالت إنه لم يكن من الصواب أن يُقدِم هيرودس، الذي عينه أنطونيو ملكًا على دولة لم يكن له الحق في حكمها على مثل هذا الفعل غير الشرعي تجاه ملوكها الفعليين. قيل إن تدخل كليوباترا هذا حدث في عامي 35-34 قبل الميلاد، عندما كان أنطونيو في مصر. ويُشار إلى المزيد من ظلم كليوباترا لهيرودس في المجلد 15 (3. 8. 77-75)، عندما عاقب أنطونيو الملكة على ما يبدو لتدخلها في شئون هيرودس. يشير يوسيفوس إلى أن اهتمام مصر بهيرودس كان بالكامل من أجل ضم أراضي يهودا كجزء من أراضيها. ويُذكر طمع الملكة مرة أخرى في الموضع3. 8 .79، عندما يقول المؤلف إن أنطونيو أعطاها سوريا الجوفاء. يحمل يوسيفوس كليوباترا أيضًا مسئولية الحروب التي نشبت بين هيرودس والملك النبطي مالخوس (1.5. 110 و 5. 3. 132-131) ، التي كانت في صالحها وكانت وسيلة للحصول على المزيد من الأراضي. يُشار أيضًا إلى استحقاق الملكة اللوم في الموضع 6. 6. 191 عندما قيل لأنطونيو إن الطريقة الوحيدة لإنقاذ نفسه وسلطته هي التخلص من كليوباترا. وعقب سقوط كليوباترا وأنطونيو، قيل إن مريم التي ذُكرت مسبقا لم ينقذها من الموت إلا هيرودس بسبب هزيمتهما. (7. 3. 215). حصل هيرودس نفسه على 400 من أهالي بلاد الغال الذين كانوا حراسًا شخصيين لكليوباترا بالإضافة إلى مكاسبه من الأراضي (7. 3. 217). وفي المجلد 15 (2. 6. 28) توجد إشارة أيضًا إلى حبيب أنطونيو أو جنديه المفضل كوينتوس ديليوس أيضًا في كتاب يوسيفوس «آثار اليهود القديمة» 14. 394 و«الحرب اليهودية» 1. 290) الذي تركه وانضم إلى أوكتافيان قبل معركة أكتيوم. كتب ديليوس فيما بعد قصة عن حملات أنطونيو على بلاد فارس، التي ذكرها هوراس (القصيدة الغنائية 3.2). في جزء لاحق من المجلد 15 (7. 9 . 256-258) ورد تعليق يتحدث عن ماضية ويتناول سالومي (أخت هيرودس) التي تزوجت من حاكم منطقة إدوم، وكانت إحدى الشخصيات النسائية الأخرى البارزة التي يُعتقد بوضوح أنها كانت تتدخل في الشئون الدولية. طالبت سالومي بالسيطرة على أراضي دولتها، وعرضت إعلان ولاء دولتها إلى الملكة. ويُقال إن كليوباترا طلبت من أنطونيو الحصول على هذه المنطقة لكنه رفض. في كتاب «الحروب الأهلية» (4. 61) يصف أبيان بالتفصيل أفعال كاسيوس، الذي طلب المساعدة من كليوباترا وسيرابيو (نائبها في قبرص)؛ فيقول إن الملكة رفضت مساعدته بسبب معاناة مصر من المجاعة، لكن أبيان يضيف أن السبب الحقيقي كان تعاونها مع دولابيلا وإرسالها إليه بفيالق وأسطول. أرسلت كليوباترا أسطولها لمساعدة أوكتافيان وأنطونيو ضد كاسيوس، ويُقال لنا إن كاسيوس اعتقد أن مصر دولة ضعيفة بسبب ما بها من مجاعة وبسبب ترك الفيالق الرومانية لها ترجع أسباب دعم كليوباترا لأوكتافيان وأنطونيو إلى علاقتها بقيصر الذي كانا يدافعان عن اسمه) وأيضًا خوفها من كاسيوس، وبذلك تُظهر نوعين من المشاعر التي تتسم بها النساء عادةً. يقول أبيان أيضًا في كتابه الحروب الأهلية» (4 .82) إن الأسطول دمرته عاصفة على السواحل الليبية وإن كليوباترا عادت إلى وطنها معتلة الصحة.