الملوثات بحسب طبيعتها فهي أما أن تكون:

ملوثات أحيائية: وتدخل ضمن كائنات حية مجهرية في الغالب، وتعمل على تغير عدد من الصفات أو الخصائص البيئية عند وجودها فيها أو ذات إضرار بصحة الإنسان أو الإحياء الأخرى، وتعد وفق الأسس العلمية لعلم البيئة بأنها من المكونات الإحيائية الطبيعية، ومنها ما هو طفيلي يعيش في أمعاء الإنسان أو الحيوانات، وقد يسبب حالة مرضية كما هو الحال بالنسبة للطفيليات المعوية أو ليس له تأثير صحي ضار كما في حالة العديد من البكتريا المعوية، وقد أدت ممارسات الإنسان الخاطئة تجاه البيئة مثل طرح الفضلات البشرية في الأنهار أو رمي الحيوانات الميتة في المصادر المائية إلى خلق مشاكل بيئية وصحية عديدة وبالتالي تحمل هذه الأحياء إلى ملوثات بيئية ولذلك فان تعبير الملوثات الإحيائية يقتصر على المسببات المرضية فقط كالبكتريا والطفيليات والفطريات والفيروسات وغيرها.