وتباشر جامعة الدول العربية عملها من خلال ثلاث هيئات هي:

1- مجلس الجامعة: ويتألف من ممثلي الدول الأعضاء، ويجتمع هؤلاء في مقر الجامعة بمدينة القاهرة في دورتين عاديتين إحداهما في مارس والأخرى في سبتمبر من كل عام. ويمكن انعقاد المجلس في دورات استثنائية في حالة طلب دولتين فأكثر.

2- اللجان الفنية، وهي: اللجنة السياسية، واللجنة الثقافية الدائمة، واللجنة الدائمة للمواصلات، واللجنة الاجتماعية الدائمة، واللجنة القانونية الدائمة، ولجنة خبراء البترول العربي، واللجنة العسكرية الدائمة، واللجنة الدائمة للإعلام العربي، واللجنة الصحية الدائمة، واللجنة الدائمة لحقوق الإنسان.

3- الأمانة العامة: وهي الجهار الإداري للجامعة، ويتألف من الأمين العام والأمناء المساعدين والسكرتارية وعدد كاف من المختصين الرئيسيين والثانويين, وإلى جانب الهيئات الرئيسية المشار إليها أنشئت إدارات أخرى مثل مكتب مقاطعة إسرائيل، ومعهد البحوث والدراسات العربية، والجهاز الإقليمي لمحو الأمية، والمركز الإحصائي العربي، ومركز التنمية للدول العربية.

كما ترتب على اتفاقية الدفاع المشترك والتعاون الاقتصادي إنشاء هيئات أخرى، وهي :

1- هيئات عسكرية تتمثل في مجلس الدفاع المشترك، ويضم وزراء الخارجية والدفاع في الدول الأعضاء، وهو أعلى جهار عسكري في نظام الجامعة، والهيئة العسكرية الدائمة، والهيئة الاستشارية العسكرية وتضم رؤساء أركان حرب الجيوش الأعضاء.

2- هيئات اقتصادية، وتتمثل في المجلس الاقتصادي اعتبارا من ,عام 1959الذي أصبح الهيئة الخيمة الرئيسية لسائر الشئون الاقتصادية والاجتماعية في الجامعة.

3- الوكالات العربية المتخصصة التي انشئت ضمن الإطار العام لجامعة الدول العربية ولكن بصورة مستقلة عن الجامعة كمنظمة، فهي تتمتع بشخصية معنوية وإدارة ذاتية خاصة لكل منها مثل الاتحاد العربي للمواصلات السلكية واللاسلكية، والاتحاد البريدي العربي، واتحاد إذاعات الدول العربية، والمنظمة الدولية العربية للدفاع الاجتماعي، والمنظمة العربية للعلوم الإدارية، ومنظمة العمل العربية، والمنظمة العربية للتربية والثقافة والعلوم، والمجلس العلمي العربي المشترك الاستخدام الطاقة الذرية، ومجلس الطيران المدني للدول العربية، والمنظمة العربية للمواصفات والمقاييس، والمركز العربي لدراسات المناطق الجافة والأراضي القاحلة، والمنظمة العربية للتنمية الزراعية، والمنظمة العربية للصحة، والصندوق العربي للإنماء الاقتصادي والاجتماعي.