في بغداد بايع الناس الأمين في الليلة التي توفي فيها هارون بطوس ولم يمض على خلافته أكثر من 18 يوماً حتى راح يحاول أن ينتزع ولاية العهد من أخيه المأمون ويمنحها ابنه موسى وقد استشار في ذلك وزراءه فلم ينصحوه بذلك إلاّ واحد يُدعى علي بن عيسى بن ماهان الذي أصر على خلع المأمون، وفي النهاية كشف الأمين عن قراره بخلع المأمون وكرد فعل على ذلك خلع المأمون الأمين من الخلافة أيضاً، وبعد صراعات عديدة قتل الأمين عام 198 في النهاية .

وهكذا استلم المأمون بعد قتل الأمين مقاليد الحكم في العالم الإسلامي ولم يلاحظ في التاريخ ابّان حكم الأمين وفي السنوات التي تخلّلت بين موت هارون وخلافة المأمون أيّة مواجهة بين الإمام ورجال الحكم العباسي، ومن الواضح انّ الفرصة لم تسنح لجهاز الحكم العباسي أن يضطهد العلويين عامة والإمام الرضا بشكل خاص في تلك السنوات القصيرة التي انشغلوا فيها بالصراعات الداخلية والنزاعات التي جرت بين الأمين والمأمون وخلع الأخير من ولاية العهد ومنحها موسى ابن الأمين  ونستطيع أن نعتبر هذه السنوات 193ـ 198هـ هي فترة الحرية النسبية للإمام والفرصة المناسبة لنشاطاته الثقافية .