عاش الإمامُ الهادي(عليه السلام) في مدينة جدّه رسول الله(صلى الله عليه وآله وسلم) قرابة عشرين سنة، وبعد ذلك طلبه المتوكّل العبّاسي إلى سامراء فكان فيها عشرين سنة إلى أن توفّي مسموماً شهيداً، ودُفن في داره حيث مدفنُه الشريف الآن، بعد ما قضى مدّةً من عمره الشريف في السجون وفي خان الصعاليك.
روى العلّامة المجلسي(رحمه الله) في: جلاء العيون، وغيرها في غيره: أنّ الإمام عليّاً الهادي(عليه السلام) توفّي مسموماً شهيداً وله من العمر أربعون سنة، وقيل إحدى وأربعون سنة.
فإنّه (عليه السلام) تصدّى للإمامة الكبرى والخلافة العظمى بعد أبيه الإمام الجواد(عليه السلام)، وكان له من العمر ستّ سنوات وخمسة أشهر، وكانت مدّة إمامته ثلاثاً وثلاثين سنة وعدّة أشهر.
المعتمد العبّاسي –وقيل المعتزّ- بعد مجيئه للسلطة انتهج سياسة المتوكّل، فضيّق على الإمام الهادي كثيراً لما شاهده من المكانة الرفيعة التي يتمتّع بها بين الناس، على الرغم من عدم امتلاكه للسلطة والمال، فحسده على ذلك وضاقت نفسه بما يرى ويسمع من مكارم وفضائل ومعاجز الإمام الهادي كما قال تعالى: (بِلْ يَحْسُدُونَ النّاسَ عَلَى مَا آتَاهُمُ اللهُ مِنْ فَضْلِهِ).
وأخذت نزعات المعتمد الشرّيرة تدفعه إلى ارتكاب أخطر جريمةٍ بحقّ الإسلام والإنسانيّة، فدسّ السمّ إلى الإمام الهادي في طعامه عن طريق جلاوزته، وعلى إثرها لازم إمامنا الهادي الفراش. فاستشهد(عليه السلام) مسموماً كما استُشهِدَ من قبل آباؤه وأجداده.
ثمّ إنّ قاتل الإمام الهادي(عليه السلام) هو المعتمد العبّاسي، كما ذكره ابن بابويه وغيره، ورأى البعض أنّ قاتله هو المعتزّ العبّاسي.
وكان استشهاد الإمام الهادي(عليه السلام) في سامراء في جمادى الآخرة لخمس ليالٍ بقين منه، وقيل: في الثالث من رجب، وقيل: يوم الاثنين لثلاث ليالٍ بقين من جمادى الآخرة نصف النهار سنة (254هـ).
وكان الإمام العسكريّ(عليه السلام) قد صلّى على جثّة والده الطاهرة ثمّ دفن في داره، وصاحت سرّ من رأى يوم موته صيحةً واحدة.