آقا محمد جعفر ابن آقا محمد علي ابن الوحيد البهبهاني وباقي النسب ذكر في آقا محمد علي ولد في كربلاء 26 جمادى الثانية سنة 1178 وتوفي في كرمانشاه 26 ذي القعدة سنة 1259 ودفن بها في مقبرة والده.
عالم فاضل فقيه محقق مجتهد رباني زاهد عابد ورع جامع لفنون العلم وأنواع الفضائل كان معروفا بالتحقيق في أصول الفقه حسن المحاضرة كثير التواضع ساع في قضاء حوائج الناس قرأ على والده وحضر درس صاحب الرياض.

له من المؤلفات:

1- التحفة الجعفرية في الكلام شرح مفاتيح الشرائع في خمسة مجلدات: مجلد المطاعم والمشارب مجلد النكاح مجلد القضاء والشهادات مجلد العطايا والوصايا مجلد الميراث .

2- حاشية مراح الأرواح في الصرف .

3- حاشية شرح الباب الحادي عشر.

4- حاشية المعالم في مجلدين.

5- مجموعة خطب الجمعة والأعياد من انشائه.

6- رسالة في أصول الدين مع الأدلة الاجمالية وواجبات الصلاة والصوم والخمس والزكاة والحج فارسية .

7- رسالة أخرى في أصول الدين وآداب الصلاة فارسية.

8- منتخب الأصول في علم الأصول.

9- تحفة الأبرار في الحكايات والغرائب والأحكام والتواريخ فارسي .

11- الجواهر البهية في الأحكام الإلهية في أصول الدين وفروعه وجد منه الجزء الأول في أصول الدين والجزء الخامس في الميراث وباقي اجزائه ذهبت طعمة الحريق الذي حصل في مكتبة حفيده امام الجمعة آقا أبو علي في كرمانشاه في شوال سنة 1352 وهي من مكاتب إيران العظيمة المحتوية على نفائس المخطوطات الوحيدة.

12- أنيس الطلاب شبيه بالمقامع في ثلاث مجلدات وجد منها المجلد الأول والمجلدان الآخران فرع من أحدهما سنة 1235 ذهبا طعمة الحريق في المكتبة المذكورة.

13- التكملة في شرح التبصرة يوجد منها عشرة مجلدات مجلد في شرح المقدمة في أصول الدين والباقي من الطهارة إلى القضاء والشهادات وبقية مجلداته الظاهر أنها ذهبت طعمة الحريق المذكور.

14- الوجيز في أحوال الأئمة .

15- رسالة سؤال وجواب في مسائل متفرقة فارسية .

16- الانسان الكامل في الأخلاق ذهبت طعمة الحريق المذكور.

17- رسالة في المكاسب .

18- رسالة في الحج.

ووجد على ظهر كتاب الصلح من شرح المفاتيح ما صورته:
بسم الله وله الحمد وصلى الله على محمد وآله لقد أجاد وأفاد واتى بما فوق المراد ذو الفهم الوقاد والفكر النقاد والبالغ درجة الاجتهاد ذو القدر الأنور والمحل الأزهر ونجل الميامين الغرر الظاهر فضلهم ظهور الشمس والقمر الطاهر مولانا وابن موالينا آقا محمد جعفر فاني تصفحت كثيرا من كلماته وتأملت في جملة من تحقيقاته وتفحصت عن مزايا صفاته فثبت عندي انه من العلماء الاعلام المتأهلين لرجوع الخاص والعام وكفى بهذا التصنيف الغني عن التعريف والتوصيف شاهدا على صحة ما ذكرناه وبرهانا على حقية ما ادعيناه لاشتماله على تحقيقات يعجز عنها الفحول ولا تصدر إلا عن ماهر بعلم الفقه والأصول ولذلك أجزته ان يروي عني ما رويته عن قدوتي العلماء الأعلام ونخبتي فضلاء اهل الاسلام عمدتي المجتهدين وامامي الفقهاء المعتمدين وكاشفي ما خفي من شريعة سيد المرسلين مؤسسي قواعد الفقه بعد الانهدام ومقيمي بنيان الاجتهاد بعد الانثلام أفضل الأوائل والأواخر شيخي ووالدي آقا محمد باقر وشيخي وأستاذي ومن عليه معولي واعتمادي السيد المهدي الطباطبائي نور الله ضريحهما من كتب الأخبار كالكافي والفقيه والتهذيب والاستبصار وغيرها من أحاديث الأئمة الأطهار وشرطت عليه نهاية الاحتياط في الروايات والتمسته أن لا ينساني من صالح الدعوات والله ولي التوفيق صورة الختم جعفر الصادق.

أولاده تخلف بكل من: آقا محمد صادق وآقا عبد الله وآقا محمد تقي وآقا محمد كاظم.