كان الامام أبو جعفر (عليه السلام) اذا حج البيت الحرام انقطع الى الله واناب إليه وتظهر عليه آثار الخشوع والطاعة وقد روى مولاه أفلح قال : حججت مع أبي جعفر محمد الباقر فلما دخل الى المسجد رفع صوته بالبكاء فقلت له : بأبي أنت وأمي إن الناس ينتظرونك فلو خفضت صوتك قليلا.

فلم يعن به الامام وراح يقول له : ويحك يا أفلح اني ارفع صوتي بالبكاء لعل الله ينظر إلي برحمة فافوز بها غدا ؛ ثم انه طاف بالبيت وجاء حتى ركع خلف المقام فلما فرغ واذا بموضع سجوده قد ابتل من دموع عينيه وحج (عليه السلام) مرة وقد احتف به الحجاج وازدحموا عليه وهم يستفتونه عن مناسكهم ويسألونه عن أمور دينهم والامام يجيبهم وبهر الناس من سعة علومه وأخذ بعضهم يسأل بعضا عنه فأنبرى إليهم شخص من اصحابه فعرفه لهم قائلا : إلا ان هذا باقر علم الرسل وهذا مبين السبل وهذا خير من رسخ في أصلاب أصحاب السفينة هذا ابن فاطمة الغراء العذراء الزهراء هذا بقية الله في أرضه هذا ناموس الدهر هذا ابن محمد وخديجة وعلي وفاطمة هذا منار الدين القائمة , ولم تذكر المصادر التي بأيدينا عدد حجه الى بيت الله الحرام فقد أهملت ذلك.