قام الامام أبو جعفر بتجهيز جثمان أبيه فغسل جسده الطاهر وقد رأى الناس مواضع سجوده كأنها مبارك الأبل من كثرة سجوده لخالقه ونظروا الى عاتقه كأنه مبارك الأبل أيضا فسألوا الباقر عن ذلك فأخبرهم أنه من أثر الجراب الذي كان يحمله على عاتقه ويضع فيه الطعام ويوزعه على الفقراء والمحرومين , وبعد الفراغ من غسله أدرجه في اكفانه وصلى عليه الصلاة المكتوبة.

شيع الامام بتشييع حافل لم تشهد له يثرب نظيرا فقد شيعه البر والفاجر وبكاه الناس جميعا فقد فقدوا بموته الخير الكثير وفقدوا تلك الروحانية التي لم يخلق لها مثيل وقد ازدحم الناس على الجثمان المقدس فالسعيد من يحظى برفعه ومن الغريب ان سعيد بن المسيب أحد الفقهاء السبعة في المدينة لم يفز بتشييع الامام والصلاة عليه وانكر عليه حشرم مولى اشجع فقال له سعيد : أصلي ركعتين في المسجد أحب الى من ان اصلي على هذا الرجل الصالح في البيت الصالح  وقد حرم سعيد من الفوز بتشييع الامام الذي هو اتقى انسان خلقه الله بعد آبائه الطاهرين.