رغم تعدد المزايا التي تحققها المنظمات المعتمدة لمفهوم التخطيط الاستراتيجي إلا أن ثمة عدداً من المنظمات لا تستطيع استخدامه لأسباب تتعلق بـ:‏

­1-  وجود بيئة تتصف بالتعقيد والتغير المستمرين بحيث يصبح التخطيط متقادماً قبل أن يكتمل:‏

­2- امتناع بعض المدراء عن وضع أهداف لوحداتهم بسبب اعتقادهم بأن لا وقت لديهم من أجل ذلك.‏

­3- ظهور المشاكل أمام التخطيط الاستراتيجي يعطي انطباعاً سيئاً عن هذا التخطيط في أذهان المدراء.‏

­4- قصور الموارد المتاحة للمنظمة ربما كانت عقبة أمام استخدام مفهوم التخطيط الاستراتيجي.‏  

التخطيط الفعال يحتاج الى وقت وتكلفة.‏