بالرغم من تميز الملاحظة عن أدوات جمع البيانات الأخرى بأنها موفرة اقتصاديا بالنسبة للأمور المادية، إلا أنها أداة غير اقتصادية في جانب الوقت، إذ تستهلك وقتا أكبر مقارنة بغيرها من طرق البحث، فقد تتطلب الملاحظة الانتظار لساعات لرصد وقوع حدث معين خاصة في الملاحظة الميدانية، حيث يشعر الملاحظ بعدم الارتياح. والقائم بالملاحظة مثل موزع البريد يتعرض للأمطار والبرد وأشعة الشمس الحارقة، وقد يتطلب الأمر الانتظار في الظلام.

وقد يبدو الأسلوب غير المريح الذي ذكر أعلاء كمصدر لتوتر القائم بالملاحظة، لكن يوجد مصدر آخر للتوتر بخلاف عدم الراحة، وخاصة في الملاحظة الميدانية التي يكون الباحث مشاركاً في الحدث أثناء عملية الملاحظة. وعلى سبيل المثال قد يشارك الملاحظ في أنشطة غير قانونية يواجه فيها التوتر والتأنيب الاخلاقي في محاولة معالجة الأمر، وإذا ما أكتشف أمر الملاحظ في تلك الحالة فإنه قد يواجه مصدراً للخطر في ظل غياب الشرطة، كذلك قد يواجه وطأة التداخل والارتباط العاطفي مع من يقوم بملاحظاتهم خاصة إذا كانوا غير مستفيدين من الإمكانيات المتاحة، وأحياناً يواجه الملاحظ خطر تغيير شخصيته، كما يمكن أن . يعين القائم بالملاحظة . مع مرضى عقليين لفترة طويلة أو التواجد مع قوات الشرطة لمدة عام ومشاهدة جرائم العنف. وأخيرا من الصعوبات التي تواجه استخدام الملاحظة في جمع البيانات هي عملية الانغماس أو الاستغراق في الملاحظة الميدانية، الأمر الذي قد يتسبب في فقدان كبير للتجرد العلمي من جانب القائم بالملاحظة خاصة عند الارتباط العاطفي مع من يقوم بملاحظاتهم، فقد يتخلى الملاحظ عن دور العالم ويتبنى دور المتحدث .

وقد يعاب على استخدام الملاحظة كأداة من أدوات جمع البيانات, ما يلي

1 - الشخص القائم بالملاحظة قد يواجه بتعبير الناس التصنع وإظهار ردود فعل وانطباعات غير حقيقية عند وقوعهم تحت الملاحظة.

2 - قد تعوق العوامل الخارجية كالطقس أو العوامل الشخصية الطارئة للباحث عملية أداء الملاحظة.

3 - الملاحظة محدودة بالوقت الذي تقع فيه الأحداث، وقد تحدث الأحداث في أماكن متفرقة يصعب وجود الباحث فيها جميعا.

4- تفتقر الملاحظة إلى الصدق الخارجي نتيجة الاعتماد على عينات عمدية في الغالب، فالعينات في معظمها صغيرة، وقد تختلف ظروف مجموعة متواجدة في مكان معين عن ظروف مجموعة مشابهة لها في الخصائص، ولكنها مختلفة بالنسبة لمكان تواجدها.

5- تعاني عملية الملاحظة من مشكلة التفاعل، فشعور المبحوث بانه خاضع للملاحظة يؤثر في سلوكه.