على الرغم من أنّ الإمام كان تحت المراقبة في سامراء وعانى الكثير من الآلام والضغوط غير انّه لم يخضع للظالمين قيد أنملة .

ومن الواضح انّ شخصيته الإلهية وموقعه الاجتماعي ونضاله السلبي وعدم تعاونه مع الخلفاء كان كلّ ذلك أمراً لا يمكن احتماله لطواغيت عصره ومثيراً لمخاوفهم ومسبباً لهم القلق، وفي النهاية وجدوا انّ الطريقة الوحيدة هي إطفاء نور اللّه وحاولوا قتله، وهكذا لم يرحل الإمام الهادي عن هذا العالم بموت طبيعي مثل الأئمّة السابقين، ومات مسموماً في عهد المعتز، وقد استشهد في رجب من عام 254 هـ، و دفن بسامراء في بيته .