روى الحميري عن موسى بن بكر إنّه قال : دفع إليّ أبو الحسن الأوّل (عليه السلام) رقعة فيها حوائج و قال لي : اعمل بما فيها، فوضعتها تحت المصلّى و توانيت عنها، فمررت فاذا الرقعة في يده، فسألني عن الرقعة فقلت : في البيت، فقال : يا موسى إذا أمرتك بالشيء فاعمله و إلّا غضبت عليك، فعلمت انّ الذي دفعها إليه بعض صبيان الجن‏ .

ورد في حديقة الشيعة عند ذكر معاجز الامام موسى بن جعفر (عليه السلام) من جملة معاجزه التي‏ ظهرت لعليّ بن يقطين وزير هارون الرشيد و من الشيعة الخلّص لموسى بن جعفر (عليه السلام) انّه حمل الرشيد في بعض الايام إلى ابن يقطين ثيابا اكرمه بها و كان في جملتها دراعة خز سوداء من لباس الملوك مثقلة بالذهب، و تقدم عليّ بن يقطين بحمل تلك الثياب إلى أبي الحسن موسى (عليه السلام) و أضاف إليها مالا كان أعدّه على رسمه له فيما يحمله إليه من خمس ماله، فلمّا وصل ذلك الى أبي الحسن (عليه السلام) قبل المال و الثياب و ردّ الدراعة على يد غير الرسول إلى عليّ بن يقطين و كتب إليه احتفظ بها و لا تخرجها من يدك فيكون لك شأن تحتاج إليها معه، فارتاب عليّ بن يقطين بردّها عليه و لم يدر ما سبب ذلك، فاحتفظ بالدراعة، فلمّا كان بعد ايّام تغيّر ابن يقطين على غلام له كان يختص به فصرفه عن خدمته، فسعى به إلى الرشيد و قال : انّه يقول بامامة موسى بن جعفر و يحمل إليه خمس ماله في كل سنة و قد حمل إليه الدراعة التي أكرمه أمير المؤمنين بها في وقت كذا و كذا ؛ فاستشاط الرشيد غضبا و قال : لأكشفنّ عن هذه الحال و أمر باحضار عليّ بن يقطين فلمّا مثل بين يديه قال : ما فعلت تلك الدراعة التي كسوتك بها؟ قال : هي يا أمير المؤمنين عندي في سفط مختوم فيه طيب و قد احتفظت بها و كلّما أصبحت فتحت السفط و نظرت إليها تبركا بها و أردّها إلى موضعها، و كلّما أمسيت صنعت مثل ذلك، فقال : ائت بها الساعة، قال : نعم، و أنفذ بعض خدمه فقال : امض إلى البيت الفلاني و افتح الصندوق و جئني بالسفط الذي ختمته، فلم يلبث الغلام أن جاء بالسفط مختوما و وضع بين يدي الرشيد، ففكّ ختمه و نظر الى الدراعة مطويّة مدفوفة بالطيب، فسكن غضب الرشيد و قال : ارددها إلى مكانها و انصرف راشدا فلن أصدق عليك بعدها ساعيا، و أمر له بجائزة سنيّة و أمر بضرب الساعي ألف سوط، فضرب خمسمائة سوط فمات في ذلك‏ .

و المعجزة الثانية انّ عليّ بن يقطين كتب إلى الامام (عليه السلام)  : انّ أصحابنا قد اختلفوا في مسح‏ الرجلين فإن رأيت أن تكتب إليّ بخطّك ما يكون عملي عليه فعلت إن شاء اللّه ؛ فكتب إليه أبو الحسن (عليه السلام)  : فهمت ما ذكرت من الاختلاف في الوضوء و الذي آمرك به في ذلك أن تتمضمض ثلاثا و تستنشق ثلاثا و تغسل وجهك ثلاثا و تخلّل شعر لحيتك و تمسح رأسك كلّه و تمسح ظاهر أذنيك و باطنهما و تغسل رجليك إلى الكعبين ثلاثا و لا تخالف ذلك إلى غيره ؛ فلمّا وصل الكتاب إلى عليّ بن يقطين تعجّب بما رسم فيه ممّا أجمع العصابة على خلافه ثم قال : مولاي أعلم بما قال و أنا ممتثل أمره، و كان يعمل في وضوئه على هذا الحدّ و يخالف ما عليه جميع الشيعة امتثالا لأمر أبي الحسن (عليه السلام) ؛ و سعي بعليّ بن يقطين إلى الرشيد و قيل : انّه رافضي مخالف لك، فقال الرشيد لبعض خاصّته : قد كثر عندي القول في عليّ بن يقطين و القرف له‏  بخلافنا و ميله إلى الرفض و لست أرى في خدمته لي تقصيرا و قد امتحنته مرارا فما ظهرت منه عليّ ما يقرف به و أحبّ أن أستبرئ أمره من حيث لا يشعر بذلك فيتحرّز منّي .

فقيل له : انّ الرافضة يا أمير المؤمنين تخالف الجماعة في الوضوء فتخفّفه و لا ترى غسل الرجلين فامتحنه يا أمير المؤمنين من حيث لا يعلم بالوقوف على وضوئه، فقال : أجل أنّ هذا الوجه يظهر به أمره، ثم تركه مدّة و ناطه بشي‏ء من الشغل في الدار حتى دخل وقت الصلاة و كان عليّ بن يقطين يخلو في حجرة في الدار لوضوئه و صلاته ؛ فلمّا دخل وقت الصلاة وقف الرشيد من وراء حائط الحجرة بحيث يرى عليّ بن يقطين و لا يراه هو فدعا بالماء للوضوء فتمضمض ثلاثا واستنشق ثلاثا وغسل وجهه ثلاثا و خلّل شعر لحيته و غسل يديه إلى المرفقين ثلاثا و مسح رأسه و أذنيه و غسل رجليه و الرشيد ينظر إليه ؛ فلمّا رآه قد فعل ذلك لم يملك نفسه حتى أشرف عليه بحيث يراه ثم ناداه : كذب يا عليّ بن‏ يقطين من زعم إنّك من الرافضة، و صلحت حاله عنده، و ورد عليه كتاب أبي الحسن (عليه السلام) ابتداء من الآن يا عليّ بن يقطين فتوضّ كما أمر اللّه و اغسل وجهك مرّة فريضة و أخرى اسباغا و اغسل يديك من المرفقين كذلك و امسح مقدّم رأسك و ظاهر قدميك بفضل نداوة وضوءك فقد زال ما كان يخاف عليك و السلام‏ .