يتعرض نبات الشوندر لعدد كبير من الأمراض الفطرية التي تعد اقتصادية ويجب الانتباه إليها ومكافحتها، واتخاذ كافة الوسائل الفنية اللازمة للحد من أضرارها على الإنتاجية والحلاوة ومن أهمها:

1- أمراض البادرات على الشوندر:

وتعزى إلى أنواع مختلفة من الفطور المستوطنة في التربة مثل Pythium .Fusarium SP , Phoma betae , Rhizoctonia solani , cultimum تكافح هذه الأمراض بزراعة البذور على عمق مناسب وتفادي التربة الثقيلة وعدم الإفراط في الري، وتطبيق الدورة الزراعية، وتعقيم البذار بالمعقمات.

2- أمراض أوراق الشوندر:

1. تبقع سیرکوسبورا: يعد هذا المرض من أكثر أمراض الشوندر انتشارا في العالم ويسمى الصدأ الكاذب، إلا أن أهميته انحسرت في العقود الأخيرة بفضل تحمل الكثير من الأصناف الحديثة له. تظهر الأعراض على شكل بقع متناثرة مضلعة في البداية ثم تصبح دائرة محاطة بهالة بنفسجية أقطارها 1-3 ملم تتحول إلى ثقوب عند جفاف وسقوط نسيجها الورقي. ويؤدي هذا المرض الفطري إلى إنهاك النبات نتيجة تلف أوراقه، ومحاولة النبات دائمة إعطاء أوراق جديدة مما يعني انخفاض الإنتاج والحلاوة بشكل كبير، وتتم المكافحة بإتباع الأساليب الآتية.

* زراعة أصناف مقاومة في المناطق الموبوءة.

* التخلص من مخلفات المحصول المصاب.

* الرش بالمبيدات الفطرية مثل المركبات النحاسية.

2. تبقع رامولاريا: يعد هذا المرض أقل أهمية من السابق وينتشر في ظروف رطبة باردة بينما ينتشر تبقع سیرکوسبورا في الجو الرطب الدافئ، وهناك تشابه كبير في الأعراض بين المرضين إلا أن هذا الأخير يحدث بقعا جلدية اللون وهالتها أفتح لونا. ويكافح هذا المرض كسابقه.

3. تبقع فوما: ويسببه الفطر المسبب لمرض الساق السوداء على البادرات ولعفن الدرنات بعد القلع. تظهر أعراضه على شكل بقع بنية فاتحة اللون مدورة أو مطاولة وكبيرة نسبيا قطرها (1-2) سم، تملك حلقات وحيدة المركز قرب الحافة تتشكل عليها بكنيدات الفطر السوداء. ويكافح باتباع الدورة الزراعية الرباعية ومعالجة البذار بالمبيدات الفطرية.

4. صدأ الشوندر: صدأ وحيد العائل، يشاهد بصورة بثور متفرقة على نصل الورقة، وذلك في المناطق الرطبة من زراعة الشوندر، ولا يملك حاليا أهمية اقتصادية. يكافح المرض بالرش بالمبيدات الفطرية عند اشتداد الإصابة.

5. البياض الزغبي: يوجد هذا المرض في كافة مناطق زراعة الشوندر السكري في العالم، وليس له حاليا أهمية اقتصادية كبيرة. تظهر الأعراض على شكل تجعد الأوراق القمية وزيادة سماكتها.

6. البياض الدقيقي: يعد من الأمراض الخطيرة على المحصول، لأنه يسبب انخفاض الوزن، ونسبة السكر بسبب الخلل الفيزيولوجي الذي يحدث عند الإصابة، حيث تشير المراجع إلى مسؤوليته عن خفض الحلاوة بمقدار 2-3 درجات إذا كانت الظروف المناخية ملائمة لانتشاره، ولم تتم عملية المكافحة. المرض شائع جدا عالميا ويمثل أحد أهم أمراض الشوندر حاليا ويشتد المرض على النباتات البالغة في نهاية الموسم إلا أن شدته متفاوتة كثيرا تبعا للصنف والموسم والمنطقة والعروة المزروعة حيث يظهر بشكل واسع على الزراعات الخريفية اعتبارا من حزيران، ويجب التفريق بين أعراض هذا المرض الواضحة على شكل بقع دقيقية تتصل مع بعضها على الوجه العلوي للأوراق وبين اصفرار الأوراق الخارجية عند النضج. وماتزال الأصناف المزروعة قابلة للإصابة عموما بالبياض الدقيقي، لذا يحتاج الأمر في كثير من الأحيان إلى استخدام المبيدات الفطرية عند بداية ظهور المرض، ويكتفى عادة بالكبريت رشا أو تعفيرا.

7. جذام الشوندر (التدرن المرمري): توجد بؤر من هذا الفطر الأرضي في مختلف أنحاء أوروبا وشرق المتوسط، يتكاثر الفطر بالبوغات المهدية السابحة في الماء الأرضي، ويحدث على النبات تدرنات على مستوى الرقبة أو الأوراق الخارجية، وعليه فإن انتشار المرض مرتبط بالري والأراضي الغدقة، وهطول الأمطار.

3- أمراض جذور الشوندر السكري:

1. ذبول (اصفرار) فيوزاريوم: ينمو الفطر المسبب داخل القنوات الناقلة للنبات مما يعيق انتقال العصارة، ويؤدي لظهور أعراض الذبول، تبدأ الأعراض بأن يظهر نصف الورقة شاحبة بين العروق، ثم يبدأ الذبول بارتخاء الأوراق ثم موتها، دون انفصالها عن العنق، وتلتف الأوراق الداخلية للنبات نحو الداخل وتبدو الحزم الوعائية ملونة بالبني الرمادي في المقطع الجذري. يشجع على انتشار المرض درجات الحرارة المرتفعة، وتكرار زراعة الشوندر في الحقل نفسه، وكذلك سوء التهوية في التربة. المكافحة الكيميائية غير مجدية، وتعد الدورة الزراعية لعدة سنوات يتناوب فيها الشوندر مع محاصيل أخرى العامل الأهم لتفادي خطر الإصابة.

2. عفن فوما Phoma betae: ويؤدي إلى خسائر كبيرة أثناء التخزين، وقبل تصنيع الشوندر وخاصة في الجو البارد، وتجدر الإشارة إلى أن هذا الفطر الناقص يعد مسببة لسقوط البادرات من جهة، وتبقع الأوراق من جهة أخرى.