تُعد شعبة تنقية المياه من الشعب المهمة والمنتجة لدى قسم تنقية المياه والصناعات الكيمياوية‏ في العتبة العلوية والتي تنتج نحو(50م3 / الساعة) من خلال ثلاث منظومات تنقية تجهز الماء البارد والحار خدمة لزائري مرقد أمير المؤمنين (عليه السلام) وأهالي محافظة النجف الأشرف. وعن آلية تزويد الزائرين بالمياه تحدث مسؤول القسم المهندس فاضل الطباطبائي، لـ( المركز الخبري ) قائلا " يتم توفير المياه المبردة والمياه الطبيعية من خلال منظومات خاصة تعمل على تصفية المياه وضخها إلى مشارب الماء المنتشرة داخل الصحن المطهر وخارجه, وكذلك نقاط التفتيش التابعة للعتبة المقدسة، فضلا عن تزويد فوج حماية المدينة القديمة , ومقرات الحشد الشعبي في النجف الأشرف.
وحول الطاقة الإنتاجية للمنظومات أكمل قائلا " تصل الطاقة الإنتاجية  إلى نحو ( مليون لتر يوميا ) خلال الزيارات التي تشهد حضورا مليونيا، فيما معدل الإنتاج اليومي يتراوح من (150 - 250 ألف لتر) يتم فحصه من خلال أجهزة حديثة في مختبر القسم للحصول على أفضل المياه النقية الخالية من الشوائب والبكتريا ، وفق معايير وزارة الصحة وبجهود المَلاكات العاملة بالقسم.
ويعمد القسم الى تزويد المعامل الأهلية والمواكب الحسينية وبعض الدوائر الحكومية بالمياه النقية .
وللتواصل مع قسم تنقية المياه والصناعات الكيمياوية‏ في العتبة العلوية زيارة الصفحة الخاصة بالقسم .