يعد قسم الشؤون القانونية من الأقسام المهمة في العتبة العلوية المقدسة, اذ يتولى تقديم المشورة القانونية عند الحاجة الى مجلس إدارة العتبة وجميع الاقسام التابعة إلى العتبة العلوية المقدسة, بما يضمن قيامها بالتصرفات القانونية وفق قانون العتبات وأحكام النظام والتشريعات النافذة، والاشتراك في إعداد مشاريع الأنظمة والتعليمات ذات العلاقة بنشاط العتبة. وصرح للمركز الخبري للعتبة العلوية المقدسة رئيس قسم القانونية الحقوقي, فارس مالك عباده, إن قسم الشؤون القانونية يتكون من خمس شُعب تعمل  كلا بحسب اختصاصها, وهي:  
شعبة الذاتية الإدارية للقسم، مشيراً إلى انها تقوم بتسيرالأمور الخاصة بالمذكرات الداخلية والخارجية للقسم الصادرة من القسم والواردة من اقسام العتبة او الدوائر الحكومية ذات العلاقة بعمل القسم وأرشفتها وحفظها بطريقة الارشفة الالكترونية. 
لافتاً إلى أن: " الشُعبة الأخرى هي شُعبة الدعاوى وتعنى بالدعاوى المقامة لصالح العتبة العلوية المقدسة ومتابعتها في المحاكم المختصة كدعاوى الاستملاك الذي تقوم به العتبة لغرض التوسعة وكذلك الدعاوى المقامة على العتبة العلوية المقدسة من الافراد والمؤسسات والدوائر الحكومية.
وأوضح عباده، " أن شعبة التحقيق ومراجعة المحاكم ومراكز الشرطة، التابعة للقسم مهمتها القيام بالتحقيق الداخلي في الأمور التي تحتاج الى تحقيق داخل العتبة العلوية المقدسة وكذلك مراجعة المحاكم ومراكز الشرطة كممثلين قانونين للعتبة بالدعاوى التي تقام على المخالفين والمتهمين لصالح العتبة العلوية المقدسة.
وأضاف أن" شعبة تنظيم العقود والوثائق، تقوم هذه الشعبة بتنظيم العقود لصالح العتبة العلوية المقدسة مع الافراد والمؤسسات والشركات ودوائر الدولة والتي يحتاج العمل معها الى تنظيم عقود قانونية لانجاز الاعمال اما لصالح العتبة العلوية المقدسة او عند قيام العتبة باعمال لصالح المذكورين انفا وكذلك تصديق كافة الوثائق الخاصة بالعتبة العلوية المقدسة.
أما" شُعبة متابعة معاملات تخصيص الاراضي للعتبة العلوية المقدسة، مهمتها متابعة معاملات تخصيص قطع الأراضي التابعة الى بلدية النجف والدوائر الأخرى والواقعة في ضمن حدود المدينة وتحويلها تخصيصها لصالح العتبة العلوية المقدسة حسب قرارات مجلس الوزراء الخاص بذلك وتكون المتابعة مع جميع دوائر الدولة ذات العلاقة بذلك كالوزارات والمؤسسات الأخرى.
وقال عباده أن الشُعبة الأخيرة هي "شُعبة المتابعة والرقابة الداخلية تقوم بمهمة المتابعة والمراقبة على جميع أعمال الشعب التابعة لقسم الشؤون القانونية وتدقيقها من الناحية القانونية وسرعة الإنجاز للاعمال المناطة بتلك الشُعب.