عندما رصد الفلكي الإنجليزي المعروف (روبرت هوك) المشتري سنة 1664م، لاحظ وجود بقعة حمراء تشبه عين الطير تظهر في المنطقة المدارية الجنوبية لسطح المشتري ومنذ أن تم اكتشاف البقعة الحمراء وهي تتغير من حيث اللمعان أو الحجم أو الحركة، لكن الدراسات التي أجرتها فواياجير-2 أظهرت أن طول البقعة الحمراء 40 ألف كيلومتر، وعرضها 14 ألف كلم، وتقع ضمن السحب البيضاء، أي خلال الطبقات العليا لجو الكوكب.

كما أنها لا تحافظ على مكان واحد على الكوكب، بل تتحرك في اتجاهات مختلفة وإلى الأمام والخلف، أي لا تلتزم بدوران الكوكب حول نفسه وهذا يدل على أنها تطفو على سطح الكوكب تماماً مثل الغيوم التي تطفو في الغلاف الغازي، حيث أشارت الأرصاد الفلكية أنها دارت مع اتجاه دوران المشتري فيما بين سنة 1910-1942، ثم أخذت تدور بعكس اتجاه حركة المشتري حول نفسه كما حصل فيما بين سنة 1942-1962.

ثم أن وضوح البقعة الحمراء يختلف من فترة لأخرى، فقد كانت واضحة تماماً كما في سنوات 1962، 1963، 1973، 19974، واختفت عن الرؤية تماماً في السنوات 1665-1875-1927-1936. ظهرت العديد من النظريات التي حاولت تفسير نشوء البقعة الحمراء، إحدى هذه النظريات تقول أن مذنباً ضخماً أصطدم بالمشتري فأحدث إضطراباً في الغلاف الغازي فتشكلت البقعة الحمراء، وهذا أيضاً سبب لونها الأحمر، ونظرية أخرى تقول ان البقعة الحمراء منطقة شديدة الهيجان من خلال البروق والرعود المستمرة، وأن سبب انصباغها باللون الأحمر هو الفوسفور المتولد بسبب أشعة الشمس على الفوسفين المرسل من داخل الكوكب.

أما النظرية الأخرى فتتوقع أن تكون البقعة الحمراء عبارة عن جسم صلب أو شبه صلب عائم في الطبقة الخارجية للغلاف الغازي، وأنها يمكن أن تغوص داخل الغلاف الغازي وهذا هو سبب اختفاءها لفترات، وتغير لونها لفترات أخرى، كما أن بعض الأراء تقول أن البقعة الحمراء ظاهرة جوية تقع ضمن الغلاف الغازي البارد، ونشأت بين تيارين أفقيين، ويدوران إلى الشمال والجنوب من المنطقة الاستوائية الجنوبية التي تقع ضمنها البقعة الحمراء.